個人的な意見ですが、チートな主人公にはその力に見合う正義感、芯の強さ、優しさなどの人間的な魅力もあってほしいです。
『北斗の拳』のケンシロウは女子供や老人を虐げる悪人には容赦しない正義漢です。『ジョジョの奇妙な冒険』の空条承太郎も、荒々しい性格の裏に正義感の強さと家族への優しさを隠しています。どちらかといえばダークヒーローですが、HELLSINGのアーカードは「化け物を倒すのは人間でなくてはならない」など彼なりの美学をもって戦う吸血鬼でした。
どのキャラも「こいつが出てきたらまず負けることはないだろう」というキャラクターですが、そんな彼らを魅力的にしていたのは「正義の心」や「美学」など、しっかりした芯が心の内に通っていたことではないかと思います。
精神性が伴わないのに能力だけチートな主人公は、他の方もおっしゃるように「猿にサブマシンガンを与えただけ」に思えて好きになれません。