＞高校生という多感な時期にアイデンティティを形成させる手段として仲間の死を用いるのは間違えていますか？

別に間違えてはいないでしょうが、仲間の死というのはかなりインパクトの強い体験ですから難易度は高めだと思います。
ヒロインの問題以前に「命の価値が低い異世界」という設定がある以上、「仲間の死」というイベントはむしろ盛り込む方が自然です。大切なのはそれの良し悪しではなく、「仲間の死」が主人公の心に与える影響がどのようなものか熟慮すること。さらに作品のコンセプトから言って、そこに「主人公の成長」「ヒロインの彼への恋愛感情」の二つを適切に絡めなければいけないわけですよね？
逆に言えば、それらすべてをバランスよくストーリーに盛り込んで十分な説得力を持たせることができるならば何も問題はないということです。

ちなみにヒロインの問題について考えると、他の方から指摘されている「もう少し柔軟に考えた方が良い」と「話の作りようによってはヒロインとの関係の進展がかなり遅くなるかもしれない」という２点については注意する必要を私も感じます。
その物語がヒロインを重視する構想ならば、主人公が成長して確たる信念を持つようになるよりも前の段階で、ヒロインが主人公に好印象をいだく何らかの理由、もしくはいずれ二人の仲が接近するだろうと読者に期待させるフラグ。そんな要素を考えておく必要があると思います。

また「仲間の死」というイベントは、「命の価値が低い」という設定と関連させて考えるなら、いっそ序盤でさっさとすませてしまうという手もありそうです。仲間との絆を深める展開もそれほど枚数を費やす必要はかならずしもありません。命の価値が低い世界に来てしまったことを思い知らされるという形の衝撃も強いからです。
ただこの方針でやる場合、主人公の成長を促す要素として「仲間の死」だけにはあまり頼れないということになります。それよりも「これからは、どんなことがあっても大切な人を死なせたりはしない」という強い決意を主人公に抱かせることができますから、ヒロインとの関係性を進展させるきっかけとしては使いやすそうです。ただ、主人公を成長させる流れの本番はその先ということになり、それを促すイベントとしては「仲間の死」はもう使えなくなります。