能力的な相性は設定次第でしょう。
ナルトでは「風は火を助ける」なんて言ってましたが、正直思いつきのこじつけだろうと思う。言い方次第で「水は火を諌める」とかどうとでも言えますから。
でも、展開や主人公の心情をよく描写してるセリフで相性が良いように「見える」演出だと思う。

魔法少女リリカルなのはでは、主人公は光弾・杖・遠隔に対しライバルは雷撃・鎌・接近という共通点も相性もない組み合わせだったけど、掛け声で「全力全開」「雷光一閃」と似たような4文字を言うので、なんとなくライバル感が出てきて相性がいいように見えてくる。

このあたりは、設定的にどうのって言うより、演出です。