トラブルを警戒しているような口ぶりのわりに、率先してすべてを蒸し返していくスタイルで困惑しかない。
　自分は誤解されているだけで相手方に非があるんだっていう認識ならそれはそれでいいんだけど、その態度で言及しても関係各位はイラッとするだけじゃないのか？
　常識的に読解するなら『当時のメンツもいなさそう』なところにこんなことを書くのは実質的な陰口でだし、それでいてわざわざ前置きする理由を『当時の方々がこれを見ていたら申し訳ないので』とするのも当てこすりにしか見えないのだけれど。
　で。たとえばここであなたがまた上の文章を読んで「それは誤解です。真意は～」と返信したら結局やり取りが堂々巡りになるのわかりますか？　誰かの誤解をとくためのアクションはかくも不毛なものなのです。どれだけ言葉を尽くしても結局"信じるか信じないかは相手次第"なんだから。
　つーわけで、ここの住人とバトりたいわけじゃないのなら余計なことは言わんで質問だけしてなさい。触れるとしても「その節はお騒がせしました」くらいでやめとくのが吉。

１．
　ちょっと質問の意味がわからない。作中で発生する主要なできごとの因果関係を自分用にまとめたものがプロットで、それ以上の特別な形式はないと思いますが……。幕構成とかそういう話？　相談の意図がはっきりしないので具体例がほしい。

２．
　マクガフィンを用意しましょう。
　https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%9E%E3%82%AF%E3%82%AC%E3%83%95%E3%82%A3%E3%83%B3
　『泥棒ものではたいていネックレスで、スパイものではたいてい書類』、ではあなたが構想している作品にふさわしいのは？

３．
　２つアイデアがあって両方採用しようとすると辻褄が合わなくなるという話なら、答えは簡単。一方を捨ててアイデアを一つに絞ればいいだけのことです。というかそれ以外ないでしょ……。
　頑張れば辻褄を合わせられそうだけれど方法が思いつかないorそれで面白くなるか微妙という話であれば、作品個別の問題になるので具体的にどんなアイデアを盛り込もうと考えているのかが分からないことには何も言えない。

　箇条書きはいいのだけれど、質問が全体に抽象的すぎます。どんな物語を構想していて、展開のどの部分で迷っているのかについてなるべく詳細な補足が欲しい。正直あまり一般的な話をされても"時と場合による"としか言えないんで。