ああ、そうか。
最初のご質問の真意がやっと理解できました。
母の失踪と、主人公の前に摩耶が現れたこと。これをインサイティング・インシデントと規定すると、そこからラストやテーマに繋がり、かつ序盤の時点で明確に読者に伝えられるセントラル・クエスチョンを発生させるのが難しい。どうしたらよいか？
そういうことだったんですね。

いや、それがまったく分からなかったというわけではないのですが、ちょっと軽視したというか。
別にクエスチョンという言葉にそんなにこだわらなくてもいいんじゃないの？　という方向に私の思考が進んでしまったんです。要は読者の興味を強く引き付ける要素が作れて、それをラストまで持続させることができればいいわけなので。
みりんさんの場合、そこで無理に「母の失踪、摩耶の登場」に結び付けて「主人公は～ができるのか？」という形の問いを作ろうとお考えになったから、「摩耶を倒すことができるか？」がセントラル・クエスチョンになるのかなあという感じになったんですね。
しかし、それはやはり型にはめようとしすぎなんじゃないでしょうか？

＞セントラル・クエスチョンが暗示的でも面白い作品になると思いますか？

これは一番最初のご質問ですが、暗示的でも読者が受けるインパクトが強く、何らかの方向性が示せればいいと、個人的には思います。
母の失踪と摩耶の登場から読者の興味を引き出せるのではないかと何度か書きましたよね？
何か大きな秘密があると読者に予感させれば、真相を知りたいという欲求を読者は抱くのではないかと。ですからこの時点でのセントラル・クエスチョンは強いて言えば「主人公は真実を知って、不安定な状況から解放されることができるか？」でもいいと思うんですよ。
で、この場合のクエスチョンは一種のミスリードになります。しかし、婚約者を名乗る月兎族の賢人が現れることによってステージが変わり、「死者は星になって見守っている」という伏線を拾いながら新たな展開に話は進みます。それもまた壮大なミスリードかもしれないわけですが、何度も書いたように、後半～終盤の摩耶や母の真情に繋げることが可能な内容にもなっています。

私見になってしまうかもしれませんが、セントラル・クエスチョンはこのように変化しながらラストに繋がっていく形でもいいのではないかと。そこに一貫性を与える象徴的な要素として、魂を空にあげて星に変えるというモチーフが有効に使えるのではないかというイメージでここまで書いてきました。