悩んでることは十分わかるし、何に悩んでいるのかもなんとなく把握できますが、そこまでくると御作を読んでみないことには答えかねるかと思います。
「学術的なところ」をどういう意味で言っているのかもわからないので、おそらく設定は現実的に物理現象などと摺り合せて考えている、という意味合いかとは思いますが、それがどんな設定なのかわからないので、こういう要素を継ぎ足せば、とは何も意見できないかなと。
たぶん、「何か足らないんだよな、何かが」って感じの悩みじゃなかろうか。

設定をはじめ、執筆前の物語は完成に近づくほど混沌としてきて悩みが増えてきますが、完成に近づくほど回答が限定されて一般的な答えが通用しにくい（あなたの作品だけに当てはまる答えでないと納得されないでしょう）ので、ある程度作ったのであればプロット板などで晒したほうが手っ取り早いです。
意図的に伏せてるように感じられるので、おそらくアイディアを晒すことに不安があるのかもしれません。
しかし誰にでも書けるようなプロットなら盗む理由もないし、そうでないなら、そのプロットは貴方にしか書けないものなので、盗んだところでどうしようもない。自信を持って晒して意見を募れば良いと思います。

＞手本になるような小説とかあれば
手本になるのは、ご自身の好きな作家の好きな作品です。それ以上にないです。
ただ、「手本」というには違うだろうし参考と言っても違うだろうけど、あかほりさとるの作品はラノベという言葉が生まれた時期における「コレ」と言える作品です。
ぶっちゃけ、たぶん小説が好きな人が知らずに読んだら「なんだこの落書き」というレベル。
小説が好きな人ほど、あかほりさとるの作品を小説とは認めないと思う。そりゃそうでしょう。それは小説ではなくライトノベルなのですから。という作品。
小説として格好がついてきた今日の一般的なラノベと比べたらレベルが低すぎるけど、たぶん、あかほりさとるの擬音ばっかなアレがラノベの原点だと思う。
まぁ、Web小説に慣れてると意外と抵抗なく読めるかもしれない。
ストーリーもそれほど凝ったものではないので「ラノベに積み込めば良いモノ」もわかりやすいんじゃなかろうか。