師匠から、「テーマとは最後に行き着くものだ」という事を教わったと仰っていましたね。
そう考えると、「このまま書き進めた場合にぶち当たるテーマは、竹牟礼様の望むものか？」って事が大事なんじゃないですかね。
もちろん、こんな事に明確な答えはありません。
ですので、自らが望むテーマに行き着くことができる、という希望をお持ちなら、書き進めてもいいのではないでしょうか。その場合、望まぬゴールへ行き着くかもしれないという、覚悟が必要ですが。
とはいえ、一から書き直すのにもまた、覚悟が必要です。頑張って書いたものを、一度壊すのですから。
まぁ、つまるところ、創作って覚悟が無いとできないんですよ。
あなたの覚悟について、「僕から何が言える？」というと、答えは「何も言えません」となります。
僕から何か言った末、あるべき覚悟を捻じ曲げてしまう、なんて事も有り得ますから。
あなたが覚悟を決めた後、どうしていくかについては、助言なり何なりは可能です。その場合は質問してくれたら答えるつもりですが、今回はやはり、あなたがどうしたいかが答えです。
台無しだとか、そんな事は誰でも経験します。
今回の作品を「どう完成させるか」が大事なんじゃないでしょうか？