質問をまとめると、「設定を思いついたけど、どうやったらその設定でストーリーを展開できるのかと、どんな結末にするかについてアイデアがありません」ということになるかと思います。さすがにそれは、作品の根幹に関わる部分を丸投げしすぎているんじゃないかと……。
　「最強の剣士が登場するファンタジーが書きたいのですが、作中で剣士が何をしてどんな結末になるのかについて何も決まっていません。剣士の過去設定だけはあります。どうすればいいですか？」みたいな話で、この質問に具体的に答えようと思ったら回答者側がほとんどゼロから作話しなければいけないレベル。べつにアイデアだけなら適当に出せるけど、本当にそれでいいのか？　みたいな気持ちはなきにしもあらず。

＞という感じで、物語はオカルト要素を混ぜてそんな男の娘の性に対する葛藤を描きたいです。それも男子目線で描きたいです。

　まず『男の娘の性に対する葛藤』って何なんでしょう。質問文を読むかぎり主人公はとくに性にたいして葛藤らしい葛藤を抱えていないように見えるのだけれど。強いていうなら「自他の性衝動とどう向き合ったらいいのか」っていうのが悩みかもしれない。過去エピソードは要約すれば「性欲が原因でトラブルが発生しました」ってことだもんね。その場合だと、物語序盤時点での主人公は、かつて自分が"失敗した"ことだけはわかっているが、あのときどのように振る舞えばよかったのかについてはわかっていない。→物語を通して主人公に成長が見られ、加害被害をとわず性暴力を拒絶できるようになった事が示されて終わり、というのがひとつの自然な枠組みなんじゃないだろうか。過去のトラウマの清算を目指す構成。ありきたりだけど王道ではある。
　あとオカルト要素。どうやって混ぜるか悩むくらいだったら不要なんじゃないかと思ってしまうけれど、一応アイデアを出すなら「オカルト対策委員会の活動の中でオカルト的な能力で悪事をはたらく人々と何度か対峙することになるが、戦いのなかで敵のオカルト能力（過去視、読心、千里眼など）を受け、知られたくない秘密や過去の出来事を暴露されてしまう」みたいな展開がありうるかと思う。オカルト対策委員会がどういう組織なのかよくわかってないけど、シャーロットの生徒会みたいなイメージでいいんだよね？

＞例えば、生命の神秘を描いた作品って女性のことばっかりじゃないですか。それに異を唱えるように男子の生命の神秘を描きたいです。

　生命の神秘って生殖の婉曲な言い換えじゃないの？　そんなに中身のある言葉とも思えないし、こだわるようなところではないのでは。
　あと、男性向け作品に関していえば、女性はふつう客体として描かれるから、『生命の神秘』みたいなざっくりした言葉でも通用するってだけだと思う。たとえば野生動物のドキュメンタリーを観ていて、生物のすごい生態などを目の当たりにして生命の神秘を感じたりすることがあるかと思います。あれは乱暴にいえば、その生物の生態を実感として理解できない、わがこととして体感できないがゆえに出てくる感想ですよね。だから『男子の生命の神秘』を描きたいなら逆に女性向けジャンルに行くべきだし、多分女性向けポルノとかだとそういう作品はすでにありそうな気がする。

＞男の娘を出したのそのためで、自分たち男子性が弱く、醜い弱者であることが耐えきれず、常に葛藤しています。

　うーん、ということはもしかして、過去エピソードの女の子を襲ってしまった件は主人公にとって「人生で唯一、異性に対して"強者"として振る舞えた体験」としてポジティブな経験になっていたりするんですかね。この主人公にとって一番イージーな救いは、「女装した姿のまま"男らしさ"を認めてもらえる」なんだけれど、言葉にしてみるとどうにも倒錯しているし、男らしさの定義によっては普通にインモラルな話になりそうな予感が……。まあ物語は自由なので、だからどうという話ではないのですが。
　あるいは無難にまとめるなら。主人公が性役割の規範意識（男は男らしくあらねばならない／男ならば強くあらねばならない）にとらわれているのが根本的な価値観の歪みなので、ストーリーを通して性別関係なくひとりの人間として認められたり頼られたりする経験を重ねることで、コンプレックスから抜け出すことができてめでたしめでたしという方向に持っていくのがベターかも。最終的に主人公は生きていても死んでいてもいいし、女装をやめていても続けていても問題ない。登場人物の誰かと結ばれていてもいいし、一人寂しくオカルト対策委員会から去っていってもいい。とにかくそういう心境の変化が描ければ物語的に主人公は救われたことになるのだと思う。