＞伏線を張るには話を作りながら張るのか、粗筋ができてから書き足すのかという話なのですが、
どちらが良いということもなく、ケース・バイ・ケースでどっちの方法も使います。
過去に書いたことを、何気なく使えそうだなと利用する事はけっこうあります。自然発生的なので計画性は皆無で、ストーリーの根幹部分で用いることはありません。
あらすじが出来てから書き足す方法は、おそらくスタンダードな方法だろうと思います。結果が見えてるわけだから、その結果に対し説得力を追加するだけ、という簡単な作業になります。

＞伏線が無いと粗筋も組めないし、粗筋が無いと伏線も張れないし
まず、あらすじに伏線を書くことは滅多にないです。
本編で「肉塊を入れてたため銃弾を防げた」と書いてあるとして、あらすじでは「運良く銃弾を防げた」とか適当に書いています。
これをプロットに起こして詳細なストーリーラインを作っていく過程で、「運良く」という御都合主義を自然に見せるため、その説得力を序盤に追加するわけです。
だから、基本的にあらすじでは伏線は書きません。
あらすじで「都合がいい展開だな」とか「不自然かな？」と思うシーンに対して、その展開に説得力追加の要素（すなわち伏線）を考え、序盤なり中盤なりに追加していきます。

余談だけども、伏線というのは読者から見ると「繋がった！」とか「きっちりハマった！」とか凸凹が綺麗に収まった感覚があって面白いけど、基本的にはそういう盛り上げるための道具ではないです。
「運良く銃弾を防げた」では説得力がないし御都合主義すぎるから、これを無理なく展開させられる要素（伏線）を考えよう、というだけのこと。
つまり、あらすじ時点で自然な流れが出来てるのなら、無理に伏線を作る必要はないし、あくまで「無理を正当化するための要素」でしかないので、「どうやって伏線はるの？」じゃなく、「必要ないなら伏線を用意する必要がない」と言えます。
ようするに。
そもそも必要がないから、その方法もわからない、というだけではないかなと思います。

ライトノベルや漫画など少年ないし若い読者層にウケる展開は、基本的に「無理がある展開」が多いんですよ。もちろん一般にも面白い作品にはよくあるけども。
例えば「肉塊を入れてたために銃弾を防げた」という展開も、これってようは「死んだと思われていたキャラクターが生きていた」という事でしょう？
つまり「死んだ人間が生きてた」という無理ある展開。
死んだ事実を突きつけ、なおその事実を否定し生きてたことにする。
そういう無理ある展開に納得できる説得力があるからこそ、その説得力ある伏線に対して「おお、凄い、繋がった！」という感覚になるわけです。

で、一方、お話作りは、特に書き慣れない頃は「御都合主義」とか「不自然な流れ」とかそういうのを絶対悪がごとく避けようとするものです。
ようするに、最初から「伏線が必要ないあらすじ」を書いてるわけですね。

一度、適当に無茶苦茶なあらすじを書いてみて下さい。
書いた後で、読み返して無茶だと思う箇所を無理なく展開させるための要素、すなわち伏線を考えて見て下さい。
たぶん、割りと面白いのが出来ると思います。
また、コレって逆を言うと、執筆してて「無理あるなー」とか「違和感あるなー」って思うときは、だいたい説得力が不足してるのが原因なので、無理な展開自体に問題があるのではなく、そのための説得力、すなわち伏線に原因があります。
伏線に説得力があればこういう問題はたいてい解決します。

かなり極論だけど、言ってしまえば伏線ってただの「言い訳」なんだよね。
普通は言い訳って事が起こった後にするものだけど、事が起こる前にする言い訳が伏線。
だから、言い訳の必要がない綺麗なあらすじを書いてりゃ、そりゃ伏線の張り方がわからないのも道理だと思う。
こうしたプロットを用いて無理に伏線を張る失敗例として良くあるのが、「後々の展開のために、序盤で意味不明な展開をする」というもの。
作者は決まって「最後まで読めばわかるから」と言うけど、最後まで読まれなきゃ意味がないし、こういう伏線を意図した伏線は、序盤が意味不明になるだけで最後まで読まれることは稀でしょう。