別の方にも書いた事なので何ですが、キャラクターの魅力は「設定」だけ見せられてもどうしようもないです。
魅力があるかどうかはわからない。
単に「そういうのは私の好みかな」という一回答者としての好みでしか答えられないし、もしくは一般的に好まれやすいという平均値での回答になる。
だから、回答をするなら「魅力はあるか」ではなく「魅力の出し方」または「魅力を出しやすい設定か」という話になる。

それで言うと、まず、大前提として、「魅力を出そうとしているか？」という根本の問題があります。
これは単なる気持ちの話ではありません。
まず最初は主人公の妹ですが、「萌える場面だろうか」と言ってる割には、一つも「妹の可愛さをアピールしてる場面」がありません。
作者が決めたシナリオに沿って話を盛っているだけです。
妹がヒロインのシーンにおいて、これは「妹が可愛いと思える内容にはなっていない」と言えるでしょう。
作者が決めたシナリオと妹の可愛さをアピールするシナリオが釣り合ってないので、単にシナリオを進めているだけの内容になっています。
例えば、
＞友達想い、兄想いの優しい子で、敵対する人には容赦しません。が、作中ではそういったとげとげしい一面は描写しないようにしています。
なんで？
いやいや。
刺々しい一面がある一方で兄想いだから可愛いんでしょ。そういう可愛いところ、この妹のどういう所が可愛いのかを、どうしてアピールしないんでしょうか？
しかもこれは「妹の可愛さ」のほんの一例です。妹の魅力をもっと出していきましょう。

なんとなく勘違いされてるような気がするので、念の為に書いておきますが、
＞『姦淫してはならない』を破ってしまいましたが、果たして読者から見て萌える場面だったのかどうか……。
別にエロシーンや色気のシーンで萌えるってわけじゃありませんよ。設定を見るだけでは、現状ただのエロシーンだと思います。
萌えは、貴方が「可愛い」と思えるシチュを列挙し、それについて書いて下さい。

次にメインヒロインのアイルですが、彼女についても「可愛いと思える要素を凝縮した」と書かれているものの、それがどんなシーンに活かされているのか一つも書かれていません。
現状、「そういう設定なだけ」で、キャラクターは見えてきません。

また、後編のサエリについても同じくキャラクタープロフィールがあるだけで、彼女の魅力は一つも書かれていません。
誤解のないよう強調して書きますが、魅力がないと言っているのではありません。
設定だけ書かれてもわからないし、少なくとも魅力を活かしてる場面は一つも見当たらない、という回答です。

そして、これは少し意地悪な回答であることも自覚しています。
なにしろ、キャラの可愛い要素をどのようにシーンに活かしているかを事細かに書いていったら文章量が酷いことになるでしょうから。なので、それを要求してる回答ではありません。
ここで言いたいことは「可愛いと思える要素をアピールしましょう」という事です。
そして、その可愛いと思える要素が一つも書かれていないので、それを指摘したまでの話です。

＞複数のキャラクタープロブレム
ようはキャラが抱えてる問題という話でいいんですよね。
であれば、複数の問題を書くにはサブプロットを利用するか、二つの問題に共通する大問題を定義するか、どちらかしか選択肢はないかと思います。