女性が主人公でも戦闘シーンを入れることはありですよ。
セーラームーンやスレイヤーズ、レイアース、プリキュアなど、女性主人公で戦闘のある作品は多数あります。
セーラームーンは少女漫画雑誌なかよし連載だったくらいですし、少女向けの戦隊モノの成功例の一つとして有名ですよね。

ただ、もし少女向けで戦闘が全面的にウケるのであれば、少女誌ももっと戦闘で溢れかえってるはずなので、人気のジャンルであるとは言えないかもしれません。

また、少女主人公の作品は読まないという男性の層も一定数いるので、少年向けには男性主人公の方がウケがいいと言えます。

少女主人公だと男性読者からのウケが悪い。
少女主人公だと女性読者の方が多いと想定される。
女性読者には戦闘はウケが悪い。

以上の理由によって、少女向けだから戦闘は難しいと言われたのではないでしょうか？

でも成功例もあるので、どうしても書きたいものがあるのなら挑戦してみるのも楽しいと思います^ ^