遅ればせながら、ラカさんの列挙した設定についてどのくらいサタンさんの言うような「だいたいどの作品もこんな感じの設定」なのか挙げさせてください。

＞・夕方から夜にかけて現れるが、夜は力が強くなり過ぎるので、戦うなら夕方のうちに
○モマと影憑がなぜ昼間に戦ってはいけないのかわかりませんが、米英共同製作の映画『サラマンダー』（原題: Reign of Fire）に出てくるサラマンダーの視力は「昼はよく見える。夜はもっとよく見える。しかし黄昏時の薄暗さでは全く見えない」ということで、主人公たちはその時間を狙って勝負を挑んでいます。……ちなみに『サラマンダー』の映画自体は、近代軍事兵器で歯が立たないドラゴンとの最終決戦にボウガンであっさり勝利してしまう映画で勝利の盛り上がりが弱く、見終わった時の印象はそこまで面白くないです。

＞・様々な形態をとるが、基本的に黒い
○クトゥルー神話で人気の邪神ニャルラトホテプは顔を持たない神であるゆえに千もの異なる姿を持つ「千の無貌」と呼ばれ、「背の高い黒い男」「這い寄る混沌」「顔のない黒いスフィンクス」「燃える三眼」など作品によって様々な形態が登場しますが、色は黒、たまに赤で描写されることが多いです。ライトノベルの『這いよれ！　ニャル子さん』でも黒い服に身を包んだ変身能力を持つキャラとして登場しました。
また、「姿を自在に変える黒い影の魔物」というのもよくあるキャラ造形ではないでしょうか。

＞・退治に使える武器が限られている
○さっきのサラマンダーもそうですが、古典的なところでは人狼や吸血鬼との戦いに銀の武器が勧められる、節分で鬼に炒った豆を投げつけるなど、「特定の武器・方法でなければ倒せない敵」「ある種の魔物・妖怪を倒すための特別な方法」などといったものは怪談や伝承において無数にあるのではないでしょうか。

＞・人に取り憑いた場合、精神の変調をきたす
○怪談話の妖怪や幽霊、クトゥルー神話の邪神や宇宙生物等々。恐らくその場面を読んだほとんどの読者は「何らかの作品固有の現象」というよりも「そりゃ悪いモノに憑りつかれたら何かしらの悪いことが起きるだろうよ」というように、物語としては普遍的で当たり前な現象ととらえるのではないでしょうか。（そもそも「取り憑く」「憑りつく」「憑く」なんて日本語がある時点でねえ……）

ボカロ小説の書籍は確かに他の小説・文芸とは違った客層を狙っているでしょうから、それしか読んだことがない読者がもし自分の作品を見たらボカロ小説の設定しか思い浮かばないのではと心配になるのもわかります。
しかし結局のところ挙げられた設定だけでは「古くからある設定のテンプレートの集まり」でしかなく、それを論拠にパクり非難なんてするやつがいたらネットの集合知で大喜利じみた袋叩きが開始されるでしょう。
「どこかで見たような設定や理論・事象の組み合わせ」も確かに組み合わせ方や描写の仕方次第ではオリジナリティと認識されるでしょう。（例として『ジュラシック・パーク』での「恐竜の血を吸った蚊を琥珀の中から探してDNAを採取」というアイディアはマイケル・クライトンのオリジナルではありませんが、それを「恐竜を復活させたテーマパークの崩壊によって起きるサスペンスアクション」として組み上げる力はクライトンならではのものです）
しかし今回の場合、今のラカさんが気にするべきは「この設定の組み合わせがパクリだと批判されないか」よりも「敵の描写が印象の薄いありきたりなものになっていないか」「作品が自分ならではの個性を発揮できているかどうか」の方が重要かもしれません。