オマージュは敬意をもってわざと使うことで、「ソレでなくても良いけど、好きな作品だからあえて使ってる」という感じ。
わざわざ使う理由もないけど敬意をもって使ってる。
パクリの言い訳として使う言葉ではないです。

私はパクリを推奨していますが、「そのまま使う」のは芸がないのでNGだと思っています。
「我ら来たれり」を参考にしてパクるのは問題ないと思いますし、そもそも決め台詞と言っても創作なら普通にどっかで使ってそうな言葉だし、「我らは、ここにあれり」とか多少言い回しを変えりゃいいんじゃないの、と思います。
「この紋所が目に入らぬか」と言えば水戸黄門でしかないけど、「かの紋章をなんと心得るか」とでも言えば誰も水戸黄門とは思わない。
このように参考にしてパクるのであれば、何も問題ないと思います。