すみません、のんさんへの質問なんですが、個人として一応自分も答えさせていただきます。
自分が必ずしている、しなければならない(断言)事は「伏線を敷く」です。
「つじつま合わせのつまらなさ」と仰っていますが伏線を張ることでそれは無くなると思います。
　　「例アクセルワールド」
危ないときに黄の王が敵としてきた時も「ご都合主義乙」とは言われませんでした、それは少なからず、それほどの理由があるから。その場所を知っている理由があるからです。何も関係が無く、王繋がりで黒が鬱陶しいから、たまたまピンチだったから、これはまさしく「ご都合主義乙」なんです！

「お前どこからその力身に着けたんだよ」「ハイハイここで敵追加ですかそうですか」
これどうゆうことか分かります？
そう！少しの伏線があっても、少しのご都合でもご都合主義乙と言われてしまうのは作品にのめり込む程面白くない！飽きてきて悪いところが目立ってしまう！からです。自分も自分の作品を見返すと見つけます、ですが別にいいんです。なぜなら自分は面白そうな小説を買って悪い所を探しながら読もうとは思わないからです。全身全霊でその作品の中に入ろうと思うからです。
「結論」ご都合主義乙と言われるのは
１展開があからさま過ぎて読む気が失せるから悪いところが濃くなってくる。
２作品を楽しんで読もうとしない人の聞いても貰っても意味の無い言葉の２つです。
もし前者ならダメですが、あなたの事です、きっとそんなことはないでしょう。
自分の作品を自分で読み返す程に駄作だなと感じます。いつも楽しみにしてくれている人の注意の声が一番重要ですその言葉を頂いたならそれを自分で考えて行動に移すこれが最もいいと思います。
他の悪い所だけを見つける人の声は「あっそうなの、気を付けるか」程度に心に入れといていいですよ。
「ご都合主義乙」はもう無視、見いてるだけで損しますｗマジです。

　異能を手に入れた状態から始める
「なぜ主人公だけが異能を手に入れたのかを後日談的な単なる説明として書くことになる、そうすれば納得はできるが熱が生まれない」
　異能を手に入れてない状態から始める
「最初にすこしずつ入れた伏線をドッと一気に回収して読者を驚かせる、楽しませる、なおかつ展開のスピードを速くして最後まで熱を逃がさずに運べる事ができる」
力を手に入れてからよりは入れてない方から始めた方が簡単に作れて伏線回収の時の驚きが断然違います。
もしよければ他に聞きたいことがあれば教えて下さい。必ずお返します。