そらまあ、戦争（でいいのかな）ってそういうもんだし、数億人を犠牲にして自分たちの陣営の勝利を祝うって事もあるでしょう。
気になるなら「AIに統治されてる文明」とやらをフワッと表現すりゃいいんじゃないでしょうか。
例えば「AIに反逆するAI文明側の人物（Aとする）が主人公と接触する」「主人公とAはAI文明人に被害が少ない方法を考える」「犠牲は出ることは覚悟の上とAの側からAI討伐に乗り出し、主人公を中心としてAIを討伐する」という感じ。
AI文明側の事情はあんまり出さないし、言い出すのはAI文明人だし、犠牲は覚悟してるってんだから、主人公の責任じゃないし、わだかまりは最小限になると思う。
AI文明側のキャラクターに深い感情移入をしてしまうとコレが通用しない可能性があるので、AI側キャラは少数で文明の様子はフワッと曖昧に書く感じ。

＞このエピソードの落とし所としては
３．AIは遺伝子書き換えを停止し、個性を持った人間は主人公側が受け入れるとしてAIサイドと主人公サイドが共生する
って案もあるね。
というのも、なんとなく映画「マトリックス」を連想したので、確かマトリックスのラストってそんな感じだったな、という第三案。
「AIを説得する」という疑問点もマトリックスが良い参考になるんじゃないでしょうか。
AI、つまり機械ないし情報であるだけに「バックアップ」だとか「サブフレーム」だとか適当な単語を使えば「AIのメインフレームに対して反目するAIの存在」というのを簡単に作れますからね。
「もともとメインフレームを監視することが自分の仕事である」とか。越権行為が目立ったあたりでメインフレームから切り離された旧フレームとか。

文明破壊を選択する場合、これでモヤっとしたものが残るのは、おおよそ「文明側」が被害者になってしまうためだと思う。
なので、前述した「AI文明側のAというキャラ」とか、文明側の言い分を書いたりAI文明代表を作ってしまえば良いと思う。
そんなAが「犠牲は覚悟の上」と言えば、もう犠牲が出るのはしょうがないので。

説得し降伏させる場合、これも前述したけど「AIに属する主人公の味方」を作ってしまえばどうにでもなると思う。
「切り離された旧サブフレーム」が主人公の協力を得て「メインフレーム」をハッキングし、全てを掌握。逆に「メインフレーム」を切り離して主人公たちがこれを撃破。その後に「元サブフレーム」のAI側は主人公の提案を受け入れる。というかんじとか。
話し合いなど説得するにしろ、ようは決着がつけば読者としてはスッキリするんで、問題は、降伏させる場合はどう決着をつけるか、ってことでしょう。
私の例の場合は「降伏する元サブフレーム」と「決着のため撃破される元メインフレーム」という形ですね。

お悩みから脱線しちゃったので元に戻ると、主人公側の結果的虐殺は、別に架空戦記なんかじゃよくあることじゃないかなと思う。
「敵国の王族・貴族や兵士以外の民間人」にあまりフォーカスされないので、それを知る機会が薄いだけじゃないかな。
ちゃんとそういうとこに触れてる作品もあるしさ。
宗教が違ったりすりゃ暴動も起こるし略奪もあるし男手も食料備蓄も国に取られた後なんで、戦争で負けた国は、書かれてないだけで結果的に「主人公達に対して悪い事もしていなかった住人」がすごい死んでるだろうね。
だから、アリかナシかで言えば、アリ。
でも書き方だろうね。
そら「AIを壊せば文明が崩壊して何億って人が死ぬ」って話題を押し出してるのに、そのことを解決せずその後も触れずじゃ、AIは独善的な性質って書いてあるけど主人公もいよいよ独善的ですね、って事になると思う。
そんなら、架空戦記みたいにそもそも「そういう犠牲になろう人たちの存在」は表に出さず影を薄くしておいたほうが良いと思う。
でも「そういう犠牲に苦悩する主人公」って図を書きたいなら別。という感じじゃないかな。