論点は二つあるように思います。

１）ＡＩによる文明支配の特質。

２）異文明との戦いにおいて、結果的にその文明に属する善良な人々の生命や生活を破壊することが許されるのか？

この２点です。

（１）
１については、ＡＩによる支配を悪しきものと設定するのかどうかが、まず前提になります。悪しきものとするなら、ＡＩの破壊は支配されている人々を解放することにもつながります。そうであるならば、ＡＩを破壊しつつ副作用としてのインフラの崩壊を防ぐ方策を考えればいいということじゃないかと。

これは、物語の設定上、そういう方策が可能になっているかどうかですよね。だから、「ＡＩによる文明支配の特質」をどのようにお考えなのかが、まずは重要かと。

また、ＡＩのことを「彼なりの強烈な独善」と人間のキャラのように説明されていることも気になりました。
ＡＩは別に人間ではなく、あくまで機械またはシステムにすぎません。だから、「降伏を促し、手を引かせる」というのを話し合って説得するイメージで説明されていることには非常に違和感をもちます。
おかしな判断をするＡＩ（機械）なら、「説得」ではなく「修理」すればいいのではないでしょうか？

もちろん、その文明におけるＡＩは強大な力を持ちすぎていて人間が修理するなんて不可能なのは分かりますよ。
でも、主人公側はそのＡＩと戦って、破壊できるところまで追い込むことに成功したわけでしょう？　だったら、破壊ではなくシステムを修正するという選択肢は出てこないのかな？　と思いました。

（２）
２については倫理性の問題で、１とはまったく別問題です。
サタンさんが仰っていますが「戦争とはそういうもの」。まずは、この一言。少なくとも現実の世界では、いくらでもあることです。民主主義国家アメリカが日本やドイツに対して、罪のない一般居住地への無差別爆撃・核兵器の投下を行いました。ファシスト政権は自国民をも苦しめる悪しき政府だから。戦争を早期に終結させることが、犠牲者数をこれ以上増やさないことにつながるから。それが正当化の理由です。

アニメも例にとってみます。
『宇宙戦艦ヤマト』。あれ、最初のやつ以外はあまりちゃんと見ていないのですが。
主人公たちは、ラストではガミラス星を破壊しつくしてしまいますよね。あの星にも罪のない善良な一般人は大勢居たのではないでしょうか？
それでいて主人公は戦いが終わった後、「やるべきことは戦いではなく、愛し合うことだった」なんて呟いていました。できもしないことを言うんじゃない、って思いましたけどね。
仮に時間が巻き戻ってガミラスとの最終決戦に挑む時点に戻ったとしたら、主人公は戦いをやめて愛し合おうとするのでしょうか？　しかし、それでは地球が滅びてしまいますよね。だったら、やはり戦うしかないわけで、主人公のセリフは偽善的な感傷にすぎません。

＞状況次第では主人公陣営の数億人単位の大量虐殺というのは許されるのでしょうか。

これは許される許されないの問題ではなく、「すべての生物は、生き残るために努力する」という問題です。