その二人を完全に同居させない、というのはもったいないことだなぁと考えます。
質問者さんの言う通り、オーディションの様にしてどちらかを切り捨てるというのもアリだとは思いますが。
どちらかがどちらかのライバルになるとか、『性格は合わないのに趣味は合う親友』という形でリメイクしてみるとか。自分の中でイメージが固まっているキャラが居るなら活かすのも手だと考えます。

『どちらも主人公にしたい！　サブキャラにはもったいない！』という考え方はよくわかりますが、『メインストーリーに出てこないだけで見方を変えれば他方もまた主人公である』というような人物として登場させても、魅力があるように見えると感じます。

おすすめである作者の類例としては『異世界魔法は遅れてる！』
　https://ncode.syosetu.com/n3840bt/
ですね。
中二要素が強く、ややイタイと言われることもある作品ですが、『巻き込まれ召喚』系の作品でありつつも、巻き込まれ元となっている主人公の友人・勇者が良いキャラをしており、ダブル主人公とも違った楽しめ方をする作品です。

僕がおすすめする案における注意点としては、『作ったけど表に出さない』設定を多めに用意すること・『出さない部分』をしっかり意識すること。

捗るやり方に関していえば、『頭の中でアナザー主人公を中心としたサイドストーリーを考えつつ進めること』でしょうか。

なお、かなりかたよった案の出し方をしているという自覚はあるので、俺の案は『参考』程度に考えてください