＞地の文での主人公の考え方などが、他の自創作の主人公達と似たものになってしまいます。

それは書き手自身の性格に似ているか、書き手の憧れや嗜好が主人公の性格にストレートに反映してしまっているかのどちらかではないでしょうか？
それはある程度は仕方がないことだとも思います。

＞①複数作品を書く上で、主人公の性格をかぶらないようにするためにはどうしたらいいか。

書き手自身が主人公と距離を置くこと、かな。
具体的には、一度習作と割り切って、悪役やヒロイン（作者が男性の場合）などの視点で１作書いてみるといいかもしれません。

＞②読者はどう感じているのか。ストーリーや世界観、その他のキャラ、主人公の目的などが違えば、主人公の性格が多少似ていても気にならないものなのでしょうか？

匿名ちゃんさんご自身が読者として作品に接する場合はどうですか？　好きな作者さんの他の作品を読んでみて、主人公の性格が似ていたらがっかりするでしょうか？

むしろファンにしたら、好きな主人公がいたら別の作品でも似たタイプを期待する心理もあると思います。なのでアイデアやストーリー面で違いを際立たせることができていれば大丈夫じゃないかと。
ただ、創作の幅を広げるためにまったく違ったタイプの主人公像に挑戦してみるというのは面白いとは思います。

あと、中編をいくつか執筆されているということですが、それらはどのくらいの尺になりますか？　と言うのは中編というのは定義があいまいで、長めの短編と短めの長編とどちらもそう呼んでいる気がするので。
短編小説はキャラよりもアイデア主体になるものが多いので、そういう作品の場合はアイデアに合わせて主人公の性格を設定することになるかと。書き手が好感を持てない性格のキャラを主人公にしなくてはならないこともあり、わりと突き放した書き分けの技術が要求されるかもしれません。