最近宗教ネタを扱おうって人ちょいちょい見る気がするけど、ぶっちゃけ、基本的には宗教ネタは一般人じゃ気が付かないところでデリケートな部分があるからやらんほうがいい。
そのうえでやるなら、そもそもこういうことは自分で判断できるくらいには、対象になる宗教のことを自分で知っておいたほうがいい。

どこまでなら許されるか、なんてのはピンキリで作品によって状況によって違う。
例えば仏教であれば昔の漫画作品で『あまえないでよ！』ってのがある。尼寺に修行しに行くことになった主人公のラブコメで、割とエロありの、まあハーレムだね。確かアニメにもなった。
仏教だと煩悩とからめてエロ展開と相性いいし、この例だけじゃなく割とある。けどもちろん仏教は煩悩を捨て去り解脱しましょうって教えだから、正反対の内容もいいとこ。
……どころか、そーいや気がついたけど坊さんをテーマにしたBLとか女子向けラノベとか１ジャンルを作るくらいに数があった気がする。
空海が悪者でしたって展開も読んだことあるし、織田信長が出てくるような作品では神聖な場所とされる比叡山が悪の総本山みたいな書き方になってるものもある。

またそれとは別のアプローチ、「モチーフにしただけ」という使い方では『鋼の錬金術師』で仏教の教えが使われてる。
「全は一、一は全」ってのは仏教の「色即是空、空即是色」がモチーフと思われる。色即是空の解釈はいろいろあるんだけど、その中にハガレンに出てきた解説とそっくりなものがあるので、おそらくモチーフだろう。
このくらいの利用で問題になった例は知らないけども、偶像崇拝を禁止してる宗教ではこういう「例え」もアウトになる可能性はあるから、この程度でもダメってこともある。

宗教はやらんほうがいいとは書いたけども、別にやりたいなら宗教を扱うことには何の問題もなく、やればいい。
その際の注意点は、出来る限り扱う宗教についての勉強をしましょう。当たり前だけど何がダメなのかは宗教によって違う。
日本の仏教や神道はむちゃくちゃおおらかだから、神道における最高神が死ぬ展開を書いたところで誰も問題にはしないだろうし、仏教については前述したけども、補足すると、日本仏教は結構流派が別れてて中には相容れないものもあるんで、仏教の流派を新しく創作しちまえば基本なんでも問題になることはない。
海外の宗教は、例えばキリスト教（っぽいキャラ）は漫画にもラノベにも多いと思うけど、確か漫画ヘルシングだったかな、吸血鬼に対する神父が銃を使ったことで「カトリックは銃を使わない」と本物の神父さんがキレたことがある。
そういう「その宗教の常識」を知らないから怒られるし問題も起こるので、可能な限り調べて勉強しましょう。
……ちなみに、「神父」はカトリックで「牧師」はプロテスタント。プロテスタントは割と教派が多くて、教派によって違うことも多いので、ヘルシングも「銃を使う牧師」なら怒られなかったかもしれない。階級としては廃止されてるエクソシストとかも実例は多いし問題ないんだろうね。
宗教によっていろいろ違うんで、まあ、宗教をネタに扱うならせめて三大宗教については知っといたほうがいいんじゃないか。