ツンデレヒロインに限って言えば、もうヤンデレが出始めた頃には下火になっていたと思う。
最盛期は「灼眼のシャナ」や「ゼロの使い魔」、まあ声優の釘宮さんが流行ってた時期じゃないかなと。
「とらドラ」の頃にはトドメを刺したというか調理し切ったというか。
それ以降は、わかりやすいツンデレキャラもいることはいるけど、多くのヒロインの中の一人という形が多かった。
というのも、この頃は「誰か一人のメインヒロイン」というこれまでの常識が崩れてきていて、メインヒロインはおらず「多くのサブヒロイン」という形が多かったんじゃないかなと思う。
当時のハーレムモノは大部分が、「「一応」この子がメイン」って感じじゃなかったかな。

そして、それ以前の作品はというと、ツンデレが流行する以前の作品では、ツンデレはいつも当て馬や二番手として定番だった気がします。
意地を張ってるがために恋が実らず、という流れが多かったんじゃないかなと。
正統派ヒロインがいればツンデレサブヒロインは必ずいたような。
要するに、ツンデレブームのときに正統派とツンデレの逆転現象が起こって、一時的にツンデレヒロインがメインを張ってただけで、現在ツンデレは元の立ち位置に戻っただけではないかなと。

ツンデレ、というのは「キャラクターの個性だ」と誤解されやすく、いまやその誤解が正しいという認識だと思います。
でも、ツンデレってのは「ツンツンデレデレ」の略語で、意味は「ツンツンしてた女の子がデレデレになる」というものでしょう。
つまりこれ、キャラクターの個性を言ってる言葉じゃなくて、キャラクターの変化を指してる言葉なんですよね。
個性と言えるのは「ツンツンしている」という部分だけで、ちゃんと言葉にすれば「キツい性格の女の子」という部分だけ。
「ツンデレ」はキャラクターの変化を意味しているので、そのキャラクターが変化する過程というのは、これすなわち「物語」です。
ということは、「ツンデレ」というのはそれだけで物語が作りやすいんですよね。
「ツンツンしてる理由」とか「ツンがデレになる過程」とか、それだけで話になる。
題材として非常に扱いやすい。

そして同時に、ツンデレブームのときに流行っていた物語構成は、いわゆる「巻き込まれ型」です。
強引な女の子がやってきて主人公をトラブルの方向へ巻き込んでいく。という一種のドラえもん型とも言えますか。
言わずもがな、ツンデレの「ツン」という個性や強引な態度は「巻き込まれ型」の物語と非常に相性が良かった。
「ツン」が「デレ」になる過程でラノベ向きの恋愛を表現できるし、ラノベとの相性も良かった。
灼眼のシャナやゼロの使い魔のヒットによって、この組み合わせが爆発的に広まって流行となったのではと思う。

とすれば。
そもそも「巻き込まれ型」が下火になれば「ツンデレ」も下火になるのは当たり前で、しかし「ツンデレ」は上記したように、そもそも「物語」としての相性が良いので、メインは張れなくなったけど、元のサブヒロインの位置に戻った。という現状なのでは。
また、「ツンデレ」を「キャラクターの個性だ」と考えていると出す機会が無いので、こう言っちゃなんですが、なろう系では見る機会は減るでしょう。
アマチュアを馬鹿にしてるわけではなく、もはや「ツンデレは個性だ」という認識が当たり前の世代が多いと思うので。
なので、強いて言うなら「アンタのためじゃないんだからね！」的な典型的な記号としてのツンデレというのは、これは「キャラクター（の個性）」なので、確かにメインストリームから落ちた、と言えると思います。

一方で、プロが書く文庫では「ツンデレ」ではなく「性格のきつい女性」が出ることは当然ある。
その女性に恋愛要素があれば、当たり前だけど「ツンデレ」として登場することになる。
そしてこのポジションは、メインではなく当て馬や二番手としての位置が扱いやすいので、そのように展開する。
なので、「ツンデレ」それ自体に需要や役目がないわけではないし、そもそも「恋愛不要論」にも通じるけど、「ラブコメ」それ自体が下火なので、ツン「デレ」という言葉自体に恋愛要素を含む以上見かける機会が少ないだけではないでしょうか。
メインでは下火だけど、物語のちょっとしたアクセントや味付けで恋愛要素を出す場合、今でもツンデレは強力な武器だと思います。
全肯定型のヒロインを出す場合、ツンデレは別に主人公を好きにならなくてもいいわけだし。
悪役幹部の女副官とかツンデレポジションだと思うｗ