皆様、コメントありがとうございます。大変参考になりました。
自分の知識不足・発想力不足を痛感させられました。
遅くなってしまったため、こちらでまとめてお返事させていただきます。

かなり悩んだのですが、殺さなくてはいけない大義名分がある状態で自分も悪だと理解し葛藤した上でエゴで殺すという形で進めてみます。
主人公だけでなく読後感も爽やかにさせるのは自分の技量では難しいかもしれませんが、その形ならキャラ的にもストーリー的にも納得のいく形にできるかなと思いました。
復讐の物語にしようと思った理由は、書きたいキャラや物語を活かすために復讐という動機が最適な設定だと思えたからでした。しかし皆さんから意見をいただき、書きたい内容とテーマが本当に噛み合っているのか今一度考えてみて、若干ズレがある気もしてきました。ただ、ここで流れを変えるのもどうかと思うので、取り敢えず作品を最後まで書き切ってみたいと思います。
ありがとうございました。