プロットと違う状況になったら、加筆して内容を補正するだけです。
枚数なら公募では100枚くらいの幅はあるはず。それをオーバーすると言うのであれば、どっちを残して、どっちを優先するか決める事をします。
文章の表現は最初に決めた通りにしないといけないと言うのが? よりよい表現方法を見つけたのならそっちを優先しては? もし、書いていて、この表現ではダメだと思うのなら、直せばいいだけの話だと思います。
ああ、そうか、最初のプロットで齟齬が出るから、次々と連鎖してしまうって事なのかな?
それはならプロットを組み替えるか? 新しく思いついた方を破棄するか? どっちかしかないと思うのだけど。
どっちも捨てがたいのなら、思い切って新しい方へとシフトしてプロットを組みなおすのも手だと思います。
改稿や推敲でよりよく出来るのなら、そうするべき。時間がないのならためらうのも分かるけど、より良くなると思うなら、プロット通りをまず出して。落ちたら、改稿したのを別の出版社の賞に応募すればいいのでは?