一般論として１がよいか２がよいかではなくて、プロット次第としか言いようがない気がします。
どちらも闇雲にやったら全体のバランスを崩してしまうのでは？　そしてバランスを考慮しながらやるとしたら、２の方法で２～３万文字増やすのは相当に大変だろうと思います。３千文字増やして１万文字にするなら２もよいと思いますが、３万文字も必要なら塊で考えられる１の方がやりやすいのではないかと。

で、

＞1　新しいエピソードを、メインテーマに差しさわりのない範囲でサブイベントとして追加する

メインテーマを崩さないように配慮するだけでもプロットの点検は必要ですよね？
そしてどうせやるなら「メインテーマに差しさわりのない」ではなく、「メインテーマをより効果的にする」エピソードがないか考えてみる方がよくはないでしょうか？

なので、私見では１の一択かなと。そしていずれにしてもプロットの見直しは必須。プロットについて考えるのは実際に数万文字単位で執筆内容をいじるよりは圧倒的に時間がかからないと思います。