ちゃんと完結させれば良いんじゃかろうか……。
完結させてるつもりなんであれば、それは明確に自分が未熟である点だと受け入れて次は綺麗に終わらせられるよう気をつけるというのが正しいと思う。

続編を書いてでもちゃんと終わらせるんだって気持ちなのであればそれは立派なのだけど、どうやらその余裕はない様子で、だったら優先順位をつけて切り捨てざるを得ない作品は、今は完結させられないと諦めるほかないと思う。
幸い、その作品は「完結できてなかった作品」として今後の作品作りに非常に役立つ資料になるので、「なぜ完結してないと思われてしまったのか」を自分の作品を紐解いてじっくり分析してみると良いのではないかな。

ものによっては続編前提で成立する演出や表現方法だけど単品だと主張が強すぎてメインが薄れる、というのはあって、特に短編や掌編など短い話の場合に「何を一番目立たせるべきか」って把握ができてないと、例えばサブキャラのちょっとした掘り下げ・キャラ付けが邪魔になったりって事もよくある。話が短いだけに「ちょっとした」部分が目立っちゃうわけですね。
長編のノリで書いてるとキャラか設定の部分でよくあると思う。

あとはまあ、物語の目的と主人公の目的を別に設定すると「主人公は目的を達成してないけど物語は終わり」って状況になったりするから、そういう場合は下手すりゃよほど上手く書いても好かない人は受け入れてくれなくて完結してないって言われちゃうね。
この場合は、そもそもそれで完成品なので改善のしようもないですね。無理に改稿して「完結してる感じ」にしたら、たぶんクォリティが下がって改悪になりかねない。
そういう可能性もあるかもしれないので、やはりもう一度自分の作品を分析してみるのが良いのではないかなと思います。