無責任な助言をするなら、方向性はそのまま突き進んだほうが良いと思う。

というのも、
＞「彼女が冒険者から海兵に転向した理由や魔物を憎む理由がわからないと一個の短編として評価できない」
この意見は、察するに「海兵になった理由」や「魔物を憎む理由」が彼女の行動原理になってしまってるんじゃないかな。
そうすると重要な部分だから、
＞こういう意図的に謎を残す演出は、
謎を残す演出自体は良いのだけど、「どこを謎にするか」という作者の選択にミスがあったのでは。

謎というか、推察することはできるけど明言されてない部分があるって作品は私は個人的には嫌いではないし、ちょっと方向性が違うかもしれんけどエヴァみたいな名作もあるし、評価されないわけではないと思う。
ただ、エヴァ全盛期の頃に、謎だとか伏線だとか言いつつ作者の独りよがりで意味不明な展開を好むアマチュアはすごく多くて、別にスレ主さんの作品がそれだと言ってるわけではなく極端な一例なだけですが、ようするに難しいんですよね。「謎を残しつつ読者も納得できる作品」ってのは。
だから、今回は上手く行かなかった、でもこれに懲りずに今度は設定を伏せつつ読者も納得できるものを目指そう、と方向性はそのまま何度も挑戦してみるのが良いと思う。

＞謎の多い主人公の方が短編のキャラとしては好きなのですが、全部わからないと嫌だという人が多いならそもそもそういう主人公を設計することを差し控えなければ
今回のお悩みは、書き方次第で解決できることが多いと思うよ。
例えば「この設定面白いでしょ、こういうの気になるよね！」って書き方で読者を煽るというか物語を盛り上げておきながら、その核心について書かなかったら、「おいこら書けや」ってなるのは当然じゃん？
「全部わからないと嫌だ」って人は確かにいるけど、ここで問題になるのは作者が「気になるような書き方」をして煽ったくせに回答を書かなかったから、ではないかな。

すごく簡略化して表現すると、「私は魔物を憎んでいる」という主人公の図から始まった物語であれば、そりゃ当然「どうして憎んでるの？」という疑問は生まれる。
最初にこのクエッション、問題提起の図式ができちゃってると、当たり前だけどその「憎しみ」がどうにかならなければ物語は終わらない。
憶測ばかりで回答してるのはすまないけど、おそらく、「ミステリアス」を重視しすぎてそれを書きすぎた（前に出しすぎた）のが原因かなと感じた。
書くのは良いけど、前に出しすぎて読者の気を引くところまでやっちゃった。だから「解決させなければ話が終わらないところまで書いてしまった」ということではないかな。
ようは、さじ加減をミスってただけで、全部書かないと読者は納得しないとか含みを持たせたミステリアスな主人公はウケないとか、そういうのはないと思う。
ミステリアスを狙いすぎた、が答えのような気がする。

だから、最初に戻るけど、懲りずに次も同じ方向性で頑張ってみるのがいいんじゃないかなって思う。
ただ、途中で少し触れたけど「謎を残す」とかって難しいので、スレ主さんは既に何作も書いてるし挑戦しはじめてるので頑張ってほしいけど、初心者ですこれからはじめますって人だったら絶対止めてる。