用語集そのものは別に悪いとは思いませんが、それを読まないと読者の理解に支障が出るという内容だとしたら、やや問題はあるかもしれません。表現を工夫して多少アクセントをつけただけで、説明は説明。説明を読まされるのを面倒くさがる読者にとっては、やはり面倒くさいでしょう。作者が読者に、説明を読んで、理解して、先の展開に結びつける思考を要求しているということが問題の本質かと思います。

＞『設定解説を減らす方法』

たいへん平凡な回答ですが、ストーリー展開にそい、キャラの行動を通じて無理なく伝えるのがベストなのかなとは思います。
作品ではヒロイン視点の章もあるんでしたっけ？
すみません、大分前に試作的な序盤を拝見して以来、ほとんど読んでいません（汗）。ちょっとのぞいてきたら、ヒロインの一人称になっている章もあるようでしたが、ストーリーで伝えるためにはその方が有利かなと。

語り手は無知な方が良いと考えています。
無知であれば、

よく分からない事象に遭遇　→　不思議に思い、疑問を解こうとして調べたり、聞いてまわったりする　→　だんだん分かってくる

この流れを、語り手と読者が同じペースで共有できるのです。感情移入が深まり、理解も楽という一石二鳥なので、エンタメでは鉄板なんじゃないでしょうか？
で、その「調べたり、聞いてまわったり」の一つとしてメモを使うなら、スムーズだろうと思います。事前に読者と語り手が疑問を共有していて、メモを見て「あ、そういうことか！」。これなら面倒くさがらずに読んでくれるんじゃないかと思います。

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余談ですが、視点が切り替わるのは良くないという意見がありますよね？
あれは、切り替わるのが良くないというより、この流れなら誰視点が効果的ということを作者が十分把握しないことが問題なのだと思います。単に作者が書きやすいか、行き当たりばったりに「ここは、こいつの視点にした方が面白くね？」的にやってしまうと、読者が置いてきぼりになってしまうことがあるのではないかと。

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本格ミステリをたくさん読むと参考になるかもしれません。ミステリ作家は、謎を提示して、ストーリー展開の要所要所にヒントをばらまき、それによって読者の興味をつないでいくプロです。ていうかミステリのプロットはそれだけで成り立っているようなもので、あれほど読者に思考を強制するジャンルもありません。