『無職転生』と『乙女ゲームの破滅フラグしかない悪役令嬢に転生してしまった』を読んだとき、視点移動をうまく使っているなと思いました。この２作の特徴は、視点の移るパターンが一定なので読んでいて混乱しないのと、主人公以外の視点の役割が「主人公上げ」に徹底していたことです。
特に、はめふら。私はあのノリけっこう好きなのですが、内容はご都合主義と主人公補正のド直球です。しかし、ああいうのは作者が思い切りよく開き直らないと成功しないんじゃないかと思うんですよ。

＞「主人公視点の物語なのに、ヒロインが主体的に動くエピソードがあるのはおかしくない？」

それ自体はまったく問題ないと思います。ヒロインの「主体的な動き」の行き着く先が主人公に向いていること。そこがブレなければ。
逆に、

＞視点の変更をすることで関係性の変化や掘り下げをし、

キャラの関係性や心理のアヤなどを盛り込みたいなら、プロットはむしろあまり捻らない方が良いかもしれません。
なので、私なら、

１）あくまで視点は主人公に固定し、関係性の変化や掘り下げはオーソドックスで丁寧な描き方を心がける。

２）視点の変更を多用するなら、キャラの心理などは分かりやすくテンプレぎみに寄せる。

このどちらかの方針を立てるかなと思います。