パクトボー様、お久しぶりです。
正直、スレ主と回答者という立場で再会できるとは思っていませんでした。

まずここですが。

＞認識の擦り合わせとして質問しておかなくてはいけないのですが、作者の想定する人気キャラクターと読者が感じる人気キャラクターは同一でなくてはいけないのか？というお話です。
＞そこのところ、なぜ「このキャラクターは人気でなくてはいけない」というお話になるのか、そこがまず不思議です。
＞そういう認識に至った経緯をお聞かせいただけないことには～

まずこれをわかりやすく説明するために、パクトボー様も度々言及していたジョジョからセリフを引用します。
「人にはそれぞれその個性にあった適材適所がある。王には王の、料理人には料理人の。それが生きるということだ」（ディオ様のお言葉から引用）
今回人気が振るわなかったと主張したキャラクター達二人は、いずれも物語における自分に与えられた役割を全うしていると思っています。
この二人はその役割が物語に与える影響が特に大きいのです。だからもっと人気が出てもいいはずなのにと主張しているのです。

●ミレーヌの対応に対して

＞まあ最悪なやり方として「敵の敵は味方」になるまで最低な敵を出すのはいかがでしょう。

話を伺っている限りだとそれは、一年前の時点から意図せず取り入れていた演出だと思います。
彼女の登場した長編は複数の冒険者パーティーが共同作戦を行うというものです。
内訳としては主人公、ミレーヌ、まとめ役のキャラクターのパーティーと、彼らとは別で元からパーティーを組んでいた三人、知り合いを連れて来ないで一人で作戦に参加した傭兵です。
その内の三人組が魔女である主人公に偏見の意識を向けていて、作戦開始前から主人公に心無い言葉を浴びせるというシーンがあるのですよ。
ミレーヌはそれから主人公を守るために度々口論を吹っ掛けました。そしてその度にまとめ役が両者、特に友達への思いから熱くなりすぎるミレーヌを諭すという演出です。
ミレーヌは実際わがままなキャラクターではあるのですが、主人公相手には本編開始前から友達だったこともあって優しいのです。
だから魔女へ心無い偏見を向ける者達には、主人公を守るために戦うのです。「あなたにも悪いところがある」と主人公に対して言うことは絶対ありません。終始主人公の味方です。
ようは「対身内の敵兵器」と呼べるキャラクターになります。

＞ミレーヌちゃんで言えば、とことん主人公陣営全員がけちょんけちょんに心身ともに痛め付けられる場面を用意して～

先述したものは、主人公陣営全員というより主人公だけですけどね。
ただこれをやっても人気が伸びたのはまとめ役のキャラクターで、彼女の株はあまりあがりませんでした。
むしろ相手の三人組が「言動共にダメダメすぎることから一周回ってネタキャラ人気を取ってしまう」という悲しい事態に……これでもダメなんてどーすりゃいいんだ（泣）

※ただしまとめ役のキャラクターには「徹底していい人なのに重度のマザコン」という最強のギャップがあるから受けたという側面がありますけど。

●ベアトリクスの対応に関して

＞「出落ちキャラ」まで突き詰めるのも手でしょう。

ただでさえ不人気なのにさらに出番を減らすのか……正直この時点で一番やりたくないですね。

＞それを防ぐために、通常は弱点を用意したり人間性を掘り下げたりします。

これに当てはまる面としては「重度の男嫌い」というところがありますかね。
ヴァンパイアになる前は男嫌いという性分に任せて自分に求婚した皇子を暴行し、不敬罪及び国家反逆罪で処刑されたという過去があります。
あとヴァンパイアになった後もその男嫌いは健在で、男性の眷属は絶対に作りません。そしてこれはまだ作中で描写していませんが、彼女自身は男の血を一滴たりとも飲みたがらないというヴァンパイアとして命を紡ぐ上で重大な弱点があります。
さすがに眷属にした女性達にまで「男の血は飲むな」と強要したりはしませんけど、眷属達は好き嫌いのうるさい彼女を満足させるような娘を調達するのに少なからず苦慮することでしょうね（汗）
（戦闘面での弱点は炎に弱いという設定もありますけど、基本的に魔法のバリアだったり飛行魔法で防ぐので実質的にはあまり機能していないので、省きます）