＞友達がおらず他人にも興味がないダメな受け身主人公が、人気者の女子に強引に誘われて遊ぶというのは、涼宮ハルヒ的な学園物ラノベのテンプレート。
＞最初から、ヒロインが主人公が大好きで、彼を全肯定するのは、なろうヒロインのテンプレートです。
そういう受け取り方をしたら何でもその法則に当てはまってしまうよ。
特徴のない受け身主人公が、目立つ（美人だとか性格に難があるとか）ヒロインに強引に物語へと導かれるのは、要するに「巻き込まれ型」と言われる典型で、おっしゃる通りハルヒの時代からこのテンプレートが非常に多かったのは確かです。
でもこれは、ハルヒ以前は「落ちもの系」だとか「ドラえもんタイプ」とか言われてたもので、別に「ライトノベル特有の構成」というわけではありません。
ちなみに落ちもの系で代表的なタイトルは「天空の城ラピュタ」でしょう。

最初から高感度最大の状態で始まるのは、
通常、「高感度が低い状態」がスタートで「高感度が高い状態」がゴールであり、この変化を書くことが「物語である」と受け取れるのですが、最初から「高感度が高い」だと変化の過程という「物語」が書けないので、別の物語を用意してやる必要があります。
で、それ（どうやって別の話を用意するか）が「アイディア」なわけで「オリジナリティ」なので、通常の物語では「恋愛の変化の過程の物語」になるけど、その典型ラブストーリーの一歩先へ行こうとすればアイディアが必要となり、新しいネタを持って「既に高感度が最大の状態だけど、そこから始まる物語です」と「君の膵臓をたべたい」は実にオリジナリティのあるネタだと思います。

うっぴーさんの考察を否定するような内容ではありますが、「テンプレの組み合わせで新しいものが出来る」という話の主旨は、私も同感です。
これはテンプレに限らず、基本的に物語の雛形は数えるほどしかないので、あとはそこにどのような組み合わせをするかという話になります。
ただ、詰め込みすぎるのは良くないので、単純な足し算ではないでしょう。
そして、
＞ケータイ小説テンプレ＋学園物ラノベテンプレ
これというのは、それをどうやって組み合わせるのか、という話にもなるので、この式だけを見たら「とにかく流行り物を積み込めばいいんだな」って事になりかねない。
それをどう組み合わせるのか、がオリジナリティなんだし、道具自体はテンプレに限らず何でも従来のものを使ったほうがいい（そのほうが参考資料が多いため）。
問題はその組み合わせ方。
どうやって「従来の」から一歩先へ行くか。
そこで作者のセンスが光るのだと思います。