オミクロンと申します。自分も同じ悩みを散々抱えていただけに、参考になればと思い変身させて頂きます。

まず1に関してですが、私の場合はあまり深く考えないようにしています。カタカナの名前に関しては、変にもじったりすることなく、キャラクターの特性にあった単語をそのまま名前に付けています。一例としては

フォルトゥナ（ラテン語の幸運）・アルテ（美術の意）：黒猫キャラ
ルイーヒ（穏やか　独）・ディアナ（月女神）：聖女
ハダル・ケンタウリ（共にケンタウルス座を構成する恒星）：ケンタウルス
アリウム（アナザーのアイスランド語）：勇者の偽名

といった感じです。2以降に関しても大体そういう感じでつけています。ただ一つ気を付けていることとすれば、舌がもつれるような面倒で長い名前は付けないようにしています。

ただ内容を拝見するに、どうも【名づけ病】にかかっている感じがすると思っています。例え砂漠が世界に複数あろうとも、そのすべてに名前を付けなければならない理由はないと思います。

例えばカライスという国の近くにある砂漠ならば、カライス砂漠にしてもいいですし、もっと言えば現地の人に「ああ、あの砂漠ね」とか、「彼の国の南にある砂漠の～」と言わせてしまえばいいと思います。

もちろん物語上絶対についていなければならない場合や、頻発するせいで名前がないと面倒になるといった場合は必要でしょう。ですが物語上その場所の名前が明記される需要が少ないのに、無理をして付ける必要はないと個人的には考えています。

5の魔法名に関しては正直相当のセンスと能力が問われると思います。分かりやすい一例がドラゴンクエストであり、メラゾーマ・マヒャド・バギクロス・ベホマズン・バイキルトといった一目で魔法や特別な技術であると分かりつつ、かつ直感的に効果が予測できるものを作るのは至難の業です。ましてや作中に並列していくつも登場することも十分ありえますので、パッと見意味の分からないカタカナ語が連弾で出すのはお勧めしません。

なので無理に固有名詞を作らず、【疾風迅雷】【煉獄咆哮砲】といったように、日本語ではあるがその世界での魔術でもある。といった回り道を使えばいいのではと思います。

もう一つ好例を上げることにして総括とさせてください。かの有名なドラゴンボールのキャラの名前や固有名詞を思い出してください。

ギニュー特戦隊は乳製品を単純にもじったものでしかなく、ベジータやナッパは食用のサラダやの葉だと一目で分かります。しかし一見すればそれらの陳腐な名前のキャラなどが繰り広げる物語はどうでしょうか？　誰の記憶にも残る名作として今なお高い人気を誇っています。なので問うべきは最低限のセンスさえあれば、後は内容次第でどうにでもなるということです。参考になれば幸いです。