この件は詳しく説明するには膨大な長文が必要なので、簡単にまとめます。

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数字的な登場比率ではなく、ストーリーの構成上、主人公が本筋を担っているかどうかが重要なんです。なので、

＞主人公を主軸とした物語だから主人公を全編に渡って登場させるべきと言いますが、

ではなくて。
主人公が本筋をになっていると言えるなら、極論すれば登場比率は少なくてもよいのです。

この説明で分かるでしょうか？

言葉を変えると、ラノベやマンガは「主人公が何をし、その結果としてラストはどうなるストーリーなのか？」が重要だということです。そういうことを目指して素直にストーリーを組めば、自然に主人公の登場比率は多くなります。
ただ、単純な数字の比率に比べて、「主人公に本筋をになわせる」という概念は抽象的で分かりにくいですよね？　なので、初心者に伝わりやすい言い方として「主人公を全編にわたって登場させろ」と主張されるのだと思います。
しかし、本筋ということが理解できているなら、主人公を本筋に据えつつサブキャラの登場パートを多くするという構成も可能です。

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それと、別の観点として、作品の尺やジャンルにも関わります。

大長編なら群像劇にしてしまうこともできますが、短編～短めの長編くらいなら主人公の登場比率は多めにすることを心がける方が無難です。

また、小説の特性上、キャラや場面転換を多くしすぎると読者が混乱しやすいという問題があります。マンガやアニメなどは視覚的表現ゆえにそういう弊害が少ないので、小説よりもサブキャラの活躍シーンを盛り込みやすいという事情もあります。