あ、この場合、商標権は関係ないですよ。
商標権というのは、簡単に言うとある商品が人気があってよく売れているときに、同業他社が類似品を同じ商品名で売っちゃダメよという法律です。小説の場合、商業作品であっても商品はあくまでその小説そのものであって、登場するキャラクターは商品ではありませんから商標権保護の対象になりません（作品に登場するだけでは「商標的使用」ではないと判断される）。
また、商標権は特許庁に出願して登録する仕組みです。著作権のように作品を公開しただけで発生するものではありません。
ちなみに、キャラ名は普通、著作権保護の対象にもならなかったと思います。

要するに法律的には問題ないです。

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類似の案件として、少し前、この掲示板に「キャラのニックネームが被ってしまったのだけれど、どうしたらよいか？」という趣旨の質問があったんですね。
そのケースも商標権・著作権については問題ないはずですが、そのニックネームが特徴的で印象に残るものの場合は、ネットなどで「パクリ疑惑」が拡散するおそれは無くはないので慎重に扱う方が良いと意見を述べました。
そういうのは法律ではなく「自治」の類いです。引っかかると面倒ですが、多くの場合、正当性のある批判とは言えません。

まとめます。
かぶった名前がきわめて特徴的だったり有名すぎる場合は注意は必要かと思いますが、ありふれた名前ならまったく問題ないと言えます。