＞主人公が彼である理由がきちんとあるのに生かし切れていません。どうすればいいでしょうか？」とお尋ねしたほうが的確だったかも
なるほど、理解しました。
でも、それでも答えは変わらないかなと思います。
主人公に問題を押し付ければいいだけです。例に出した「とある魔術の禁書目録」は読んだことありますかね。あれは主人公が無効化能力を持ってるが故にどのエピソードでも必要とされますが、彼の立場に立って考えれば、別に主人公は上条当麻である必要はどこにもないんですよ。彼が問題解決を進んで買って出る理由はどこにもない。
ただ、「自分にそれが出来る力がある」ということと「それを見過ごせない性格だ」というだけです。あとは展開で主人公の逃げ道を塞いでるだけ。

何かしら設定を作って主人公が主人公である理由を作っても、その主人公が活躍しなければ同じ話で主人公たりえません。
逆を言えば、主人公が活躍すりゃ主人公たり得るわけです。
じゃあどうすりゃ活躍するのか？　そりゃ主人公を動かすしかない。動かすためにはどうすりゃいいか？　主人公に問題を押し付ければいい。という事になります。
もちろん、解決策はこれしかないって話ではなく、おそらく多くの状況で実行可能な解決策だろうという一例を出しただけです。

＞主人公がヒロインを好きな理由
別に何でもいいんですよ。そんな大層な理由をつける必要はないです。
個人的には、「読者にそう疑問に思われたこと」が問題だと思います。
ボーイミーツガールの適当なタイトルを思い浮かべてみてください。
確かにヒロインはちゃんとした理由をもって主人公を好きになっていますが、じゃあ主人公はというと、曖昧なことが多くないですか？
多数のヒロインと恋をする展開が用意されてるマルチシナリオのゲーム、ぶっちゃけエロゲなんかでは、特にその傾向が強いです。
そこで「主人公はなんでヒロインに惚れたんだ？」と疑問に思ったことありますかね？
おそらく一度や二度はあるでしょうが、なければ今疑問に思ってみてください。思い浮かべたボーイミーツガールのタイトルで、主人公にちゃんとした理由はありますか？　おそらく「ある」と言えるタイトルは少数だと思います。
これは、読者にそういう疑問を持たれることが問題なんですよ。
何故なら。
本編で「主人公がヒロインに惚れる」という話が書けていないから。ということになってしまうからです。
そういう描写が出来てないわけですね。
つまり「なんで主人公が惚れるの？」の答えは、「読んだのにわからないの？」が答えです。
そこで「わからないよ」と返ってくるなら、それが書けていなかった、伝えられていなかった、ということです。

すごく単純で極端な解決策を提示すると、
最初に「差別にも負けない人に憧れる」とか「悲しい過去と向き合う人に共感する」とか、「そういう弱者を助けたくなる、支えたくなる」という主人公描写をしておけば、それがしっかり出来ていれば、ヒロインはまさしくそういう人物なので「憧れる・共感する・支えたい」が物語の中で「好き」になるのも至極当然で、疑問にはならないでしょう。
好きになる理由や過程が無かったとしても、これを読んで「なんで好きになったん？」と聞かれたら私なら「わからないの！？」と返してしまう。