架空か、史実か、これはぶっちゃけどっちでもいいです。
どっちも変わりません。
史実のほうが、資料関係で面倒が増えるというのが大きな違いですが、ライトノベルだけにライトに考えれば、大筋さえ史実に沿っていれば問題なく、それほど資料に従う必要もありません。
例としては、別に信長が女でもいいっしょ、史実とは違うけど。別に比叡山焼き討ちをしてなくても、後世の歴史家が「焼き討ちをしたと解釈するような要素」があれば別にどういう展開にしたっていい。単純な例では偽物が暴れてたとか。
本能寺で信長が死ななくても、死んだことにすればいいわけでしょ。
どうにだってなる。

一方で架空の場合、史実を参考にしてはならないという決まりはないのだから、比叡山っぽい信仰の聖地に火をつける展開にしたっていいし、若い頃はバカ殿と呼ばれてたって別に良い。
架空なんだからどうにでもできる。
また、「史実だからイメージしやすい」という事はないです。
いまここで私が古代アステカの生活風景を描写したところでイメージしやすいですか？　知らなければ架空の風景をイメージするのと同じですよね。
逆に、架空であれば当然読者は事前知識という意味で何も知らないので、作者としてはゼロからしっかり書けば良い。
歴史モノは事前知識として読者にもある程度の教養が求められるもので、歴史を知らなければ楽しめない。楽しみにくい。
対して架空は事前知識など無いことが前提なので、何でも登場させられるしイメージに「江戸っぽさ」を強要しないのでイメージしやすく楽しみやすい。
ただ、江戸と言えば江戸しかないので、世界観の理解は史実のほうが早いのは確かです。
事前知識が必要ないように架空と同じくらいゼロからしっかり描写し説明していけば、この問題は史実を扱ってもクリアできますが、それって架空を書くのと何もかわらないですよね。
単に「江戸そっくり・ヴィクトリア朝そっくり」の舞台ってだけ。

どっちを選んでもどうにでもできるので、どっちでも変わらない、という事です。

悩んでいるのは、どちらを選ぶか決め手にかけるからでしょう。
要するに、「歴史モノを書きたい」のであれば史実一択で架空モノにしようなどという選択肢さえないハズです。
ということは「架空の歴史モノっぽい何か」を書きたいんであって、「コレ」と決めてるわけじゃない。
「侍が西洋に行く」で思いつくのは慶長遣欧使節団ですが、別に彼らの話を書きたいわけじゃないでしょう。それっぽいのが面白そうだと感じたに過ぎない。
だったらもういっそのこと「異世界のような」ではなく「異世界」としたほうがラノベっぽい。
史実を絡めたいのなら、登場人物をそれに近い存在にしてしまえば良いでしょう。
例えば、例に出した慶長遣欧使節団に参加した侍の一人が、道中嵐にあい船から波にさらわれ気がつけば異世界に。船が難破したのだと勘違いして仲間を探そうとするが次第に別の世界だということに気がついてゆく。みたいな。
ちなみに、使節団はスペインでキリスト教に感化されて日本に帰らず定住してしまった人が何人かいます。「ジャポネ」という洗礼名を付けられて、今でもその子孫であるジャポネさんがスペインにいたりします。

「架空の舞台にする必要がないのでは」という感想は、逆の言葉でも通じます。
つまり「これって現実世界を舞台にする必要ある？」です。
ようするに、「その舞台を活かしきれていない」「その世界である必要がない」という事ですね。
遠い未来のSFで単純な日常モノをやった場合、別にこれSFである必要ないでしょ。未来道具が出てくるわけでもなし、普通に人間関係を書いてるだけなら、現代でも異世界でもどこでも出来る。
であれば、別に「異世界だけど魔法は出てこない」という設定自体は良いのだけど、端的に異世界である要素の魔法が削除されるので「それ異世界の必要ないよね」となる。
ということは、やとうさんがイメージする世界観というのは現実に則したものが多いということでしょう。
また一方で、架空と迷ってる以上は歴史をネタにしたいわけではないのでしょう。もともと歴史に興味を持ってるわけではないと感じます。
すると現実の舞台にしても「史実を扱う必要あるんかコレ」ってことになるので、似たような感想が来るのではと思います。
「舞台の設定」じゃなくて、「それを利用した物語」の問題ではないかなと。
何も考えがないのなら現実に則した世界観を用意するのがベターだけど、現実に則した世界観だとしても、何かしら利用していかないと面白味がないものです。