ロボットの見た目は作者様の作りたいようにで問題ないと思います。

女主人公なら、そのロボットの見た目女性だと分かりやすいのがいいな

敵にパイロットの性別不明だと知らせるメリットはあるけど、ガンダム系のガチガチロボットにしたら、女主人公でやるメリットも感じられない

完全な個人的私見ですが

男が書いた女主人公は、見た目は女でも、作者の思考や考えが男だから、本当の意味での女主人公でもないし

作者様が女性なら、男性作者にはない感性で女主人公を作れます