主に読みやすいのはどういう数字表記かという問題ですが、発表する媒体によります。さらに設定に関わる場合は読みやすさ度外視にもなります。以下、少し説明してみます。

１．横書きで読んでもらう場合（数字全体の横幅を短くせよ）

このサイトやなろう等、ネット掲載はおおむね横書きです。その場合は、半角アラビア数字でよいでしょう。表記の選び方がいろいろあります。

特に桁数が多い場合、例えば「123456789個」だとして、そのままでは読みにくいですが、例えば以下のように書けます。

・123, 456, 789個（3桁区切り）
・1億2千345万6千789個（漢数字混じり、3百4十5万みたいにはあまり書かない）
・1億2345万789個（漢数字混じり、アラビア数字表記寄り）
（日本語に合わせた「1 2345 6789個」のような4桁区切りもあることはあるが、あまり使われていない。）

おおむね、上記の最後の書き方が多いと思います。ざっくりどれくらいの数か、先頭を読んだ時点で分かるからでしょう。ただし、上の2桁くらいで示す概数の場合は、

・1億2千万個（1億2000万個より読みやすい）

のような表記が多くなります。表記が揺らぐわけですが、「書いてみて、見た目が一番短い表記が読みやすくなりやすい」と考えておけばいいと思います。

なお、全角アラビア数字でも、大きくは問題ないでしょう。同じ全角でも全て漢数字にするメリットはあまりないように思います。

・一億二千三百四十五万七百八十九個（伝統的な漢数字表記、横に広く読みにくい）
・一億二三四五万七八九個（アラビア数字表記流だと少し読みやすい）
（眺めて分かると思いますが、「万」「千」「百」等の部分はぱっと見で拾うのは少しやりにくい。それが半角数字のほうが良い点の1つ。）

２．縦書きで読んでもらう場合（半角数字は横向きになるので全角で）

半角アラビア数字は不利になります。縦書き表示すると、たいてい横に寝てしまいます（90度傾いた文字になる）。それでは読みにくくなります（アルファベットでも同じことが言えるが、ご質問外なので割愛）。

ですので、全角数字が基本になります。全角数字はアラビア数字と漢数字がありますが、おそらく漢数字が読みやすいんじゃないかと思います。

この掲示板は横書き表示なので示せませんが、１の最後の2つが縦書きでは主に使われています。どちらでもよいです。個人的には数字全体の長さが短くなる表記をお勧めしたいと思います。

３．どう読まれるか予測しにくい場合

例えば、横書き表示のサイトで発表するけれど、縦書き表示/印刷する可能性がある場合は、縦書き前提で書いておくとよいと思います。

公募ですと、たとえテキストファイル提出でも、縦書きで読まれる可能性が高いと考えて、縦書き前提で原稿作成するべきと思います。

しかし、最初になろう等のネット掲載に出して、出版社に拾われる狙いであれば、どうせ書き直すんだと思って、最初に掲載するサイトで読みやすくするべきでしょう（たいてい横書き表示なので１の通り）。

４．設定に関わる数字の場合

例えば、古文書にどう書いてあるか、といったケースですと、「それっぽい」ことが必要となります。読みやすさより、設定に齟齬がない表記優先になります。

和風や中華風の古文書ということなら、「一億二千三百四十五万七百八十九」のような書き方でしょう。欧風ならあえて半角数字、あるいはローマ数字ということも考慮すべきでしょう。