多くの場合は、そもそも「架空」であることを書く必要がないので、なんも説明はないです。
「架空」であることが物語にとって重要な要素である、これを強調したい、そういう場合は書くことになります。

書くのであれば、序盤に書くのもメリットがあるし、必要に応じて書き中盤に架空だと理解できる展開もメリットがあるし、終盤で架空だと理解できる展開にもメリットがある。
どうしたいか、何が書きたいか、どういう話なのか、作者の考え次第で変わるから、何も知らない第三者には何も言えない。
書き始めの良し悪しも同様。作者が何をしたいかで評価は変わる。まずは、いきなり本文を書き始めるのではなく、プロットで概要をまとめてみると良いと思います。