読んでみないとわかんないけど。まず、削るなら設定じゃないでしょうか。
　俺も、世界設定やら何やら書き込む方なのですが、大概の場合『キャラクターの背景・設定』以外は読者はあんまり気にしないので、割とザックリ削った方が良いと思います。

　『大まかな序盤の流れ』だけでなく『大まかな全体の流れ』が見えないので何とも言えないんですが、序盤だけで十万文字はまず間違いなく書き込みすぎだと思います。

　あと、もしかしてなんですが『展開の合理性』を必要以上に重視しちゃってるんじゃないでしょうか。
　確かに『何がどうして、どうなって、結果こうなった』と筋道立てて書けば理屈は通るのですが、その中には案外『よく考えれば明示しなくても分かるよな』とか、『確かに説明すればこうなるけど、本筋とは関係なくね？』ってものが結構あります。
　それ削れるんじゃないかなぁ。

　で、削り方ですが。
　俺は、『取り合えず要らないと思うもの全部削って、その後プロットと見比べて、不自然になる物だけ戻す』っていう感じのやり方をしています。
　『要らない物』の定義は、話の本筋から逸れるもの全部です。ギャグパートや初出キャラの外見描写などはこの場合『要らない物』には含めません。

　と言うか、五千字おきくらいにこれをやって、膨れ上がらないようにしてます。出来るだけ。

　プロットから作り直すのは、やってみても良いですが結構キツいのでダレると思います。

　あと、これは性格にもよるんですが。多少問題があるように感じても、一度書き切ってしまうのも一つの手です。『纏めて作って、纏めて問題点を整理して、纏めて直す』っていうやり方が性に合う人も、確かにいるようです。

　以上、参考になれば幸いです。