文化庁のホームページによると、著作権法によって保護される対象は、

〈抜粋、はじめ〉

著作権法で保護の対象となる著作物であるためには，以下の事項をすべて満たすものである必要があります。

(1)「思想又は感情」を表現したものであること

→ 単なるデータが除かれます。

(2)思想又は感情を「表現したもの」であること

→ アイデア等が除かれます。

(3)思想又は感情を「創作的」に表現したものであること

→ 他人の作品の単なる模倣が除かれます。

(4)「文芸，学術，美術又は音楽の範囲」に属するものであること

→ 工業製品等が除かれます。

　具体的には，小説，音楽，美術，映画，コンピュータプログラム等が，著作権法上，著作物の例示として挙げられています。
　その他，編集物で素材の選択又は配列によって創作性を有するものは，編集著作物として保護されます。新聞，雑誌，百科事典等がこれに該当します。

〈抜粋おわり〉

と書かれています。

「設定」「ストーリー」はまだ具体的に表現されていない段階なので、(2)に該当する可能性が高く、どちらも保護の対象にならないものと思われます。
創作の世界では先行作品を参考にして模倣することはむしろ普通で、それにいちいち規制をかけると創作者を委縮させてしまい芸術の衰退につながるという趣旨の判例もあるようです。

ただし、これはあくまで著作権法についての法解釈の話です。

著作権侵害とネット上などのパクリ疑惑は別物。ネット上では根拠があいまいでも、誰かが主観的にパクリと思い込んで拡散しただけで炎上してしまうことがあります。こちらの方が作者にとって致命傷になってしまう場合もあるので、個人的にはむしろこちらを警戒します。