著作権法のもう一つの重要な概念として、創作物の本質的な特徴は保護の対象になりうるという考えがあるんですね。
じゃあ本質的な特徴って何？と言うと難しいですが、設定と比べてストーリーは作品化された場合に主人公の具体的な描写や行動と結びつきやすいので、保護対象と判断される場合があるかもしれません。
なので、

＞設定のパクリとストーリーのパクリはどちらが罪が重いですか？

この比較なら、どちらかと言うと後者かも。設定は抽象的、ストーリーは具体的ということです。