問題があるかどうかでいえば問題ないです。
単純に前編後編の物語としてまとまってるというだけかな。
普通に１話２話の流れになってるから、新人賞とかで応募するネタなら少し工夫が必要かもしれない。

ちなみに私見だけど、前編後編感が出てるのは前編のラスト
＞主人公が奥の手を使って、見事に敵を撃退し、二人は無事助かりました。
ここと、そこから続く
＞暫くして、別の事件に発生しました。
この後編に、物語的な流れがなく前編が終わったところで落ち着いちゃってるのが原因だと思う。
別に前編後編の構成のままでも良いと思うし問題ないと思うけど、もし、そうじゃなく一本にまとめたいんだって場合は、
「前編」を終えたことが原因で「後編」が始まる、という感じにするのがベストだと思う。
例えば、
前半敵は主人公に倒される直前に、街に大きな被害が出るような仕掛けを発動させていた、主人公たちはその阻止に失敗してしまい唯一仕掛けを知ってる前半敵は倒してしまったので、後半は敵が残したメモ書きなんかを頼りに調べていると後半敵が現れてなんやかんやこいつが黒幕だったことを知りラスボスと戦うことになる。
とか。
こんな感じで話をつなげると、前半のラストはそのまま物語のミッドポイント（物語の転換点）として役立つので、前半後半合わせて一つの物語感が出ると思う。

ついでに。
読者は長い話は基本飽きるので、長くとも話自体はこまめにまとめていくと飽きが緩和されて、読者層が若めのラノベにはこのほうが良い。
今回は１話２話感があると書いたけど、一個の物語を小さくまとめて繋げてくってのはラノベの書き方として上手く、知らんでやったのなら才能あると思う。
前半後半の全２話形式で問題ないと思うならこのままで問題なく、新人賞などの長編を書いているつもりなら前述したことを参考に前編後編を一つにまとめたほうが良いと思う。