結論から言えば、示された粗筋をそのままにして物語を１本に仕上げることは可能だとは思います。ただし、構成については大筋はあのままとしても、ある程度はいじらざるをえないんじゃないかと。

先にまとめると、

１）前半の山場よりも後半の山場を大きくする。

２）前半では課題を残し、後半でその課題が解決する流れを作る。

３）前半と後半でつながる要素をできるだけ盛り込む。

こんなところかなと思います。

以下、説明します。

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サタンさんも仰っていますが、示していただいた粗筋は１話・２話という感じになっていることは否めませんね。しかし、そのこと自体は別に良いとも悪いとも言えません。その作品を新人賞などに投稿するなら問題無しとは言えませんが、そういう予定がないなら作者が好きなように書けば良いだけだからです。基本的に、小説の書き方に決まりなんてありません。

ただし。

＞そこで、ご相談は、これを構成を変えることなく修正し、起承転結を１つにまとめれるようにしたいです。

それは不可能ですよ（笑

起承転結は構成そのものですから、構成を変えずに構成を変えたいと言っているのと同義です。

示していただいた粗筋を見る限り、前半と後半にあまり関連性が見受けられないんですね。そこはちょっと気になるところではあります。
前半と後半で共通する部分は、主人公とヒロイン、前半の敵と後半のラスボスの関係。これしか無いように見えます。
後半のラスボスが前半の敵の上司だったというのは、後付けで適当にどうにでもなることなので、それだけだったら「取ってつけた感」が強いです。
前半に緻密な伏線が張り巡らされていて、後半のラストでラスボスの正体が明かされた時に「そういうことだったのか！」というサプライズを読者が感じるように書かれていれば、話は別ですが。

なので。

＞なら、個別すればいいと思われるでしょうが、展開を別々に出来ない理由がある為、

こう仰っているのが、粗筋を見た限りでは私には理解できません。これなら普通に個別にすればよいと思えますが？

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とは言ったものの。

スレ主様はこの構成でいきたいと仰っているわけですから、そこを否定したら回答になりませんね。
そこは前提として考えてみます。

先の方で「不可能」と断言してしまいましたが、それは元々２話感のある話を一つに纏めたいならある程度は構成をいじらざるを得ないだろうという意味です。
ただし、構成をいじると言っても示されたストーリーの大筋はこのままでもかまいません。

やるべきことは、もう少し前半と後半に関連性を持たせることだと思います。
繰り返しになりますが、ラスボスについては前半に伏線をまいておくことは必須でしょう。そして、このキャラはできたら前半から登場させたいです。前半から登場しているのだけれど、そいつがラスボスだったことを読者にまったく気づかせない。
そのくらいやらないと、ラスボスが実は前半の敵の上司だったというのは「どうでもいい設定」になってしまいます。明かされたところで読者は「ふ～ん、そうなの？」としか思いません。

また、この前半・後半を一つの大きな流れとして構成するなら、前半の山場より後半の山場を大きくする必要があります。これも、ほぼ絶対と言えます。なぜなら似たような展開が２回繰り返されると、２回目の方が１回目よりも印象が薄まってしまうからです。
わりと有効かもしれない方法の一つは、前半の戦いで主人公たちは一応勝利を得るとしても、そこに何か課題を残すことです。
勝つには勝ったけれど、主人公・ヒロイン以外のキャラの助力があったとか、けっこう危なかったんだけれど偶然に助けられたとか。
または、戦い方について主人公とヒロインの間に意見の対立を作るのも面白いかもしれません。主人公には素質と突破力があるけれど、戦い方が無謀すぎるとヒロインに批判させるとか。
そういう意見の衝突が前半では解決せず、わざとモヤっとした感じを残すんですね。それが後半の戦いでは解決し、二人の長所が引き立てあって最大の難敵を倒すことができたというような流れをを作れば、示された粗筋のように物語を前半と後半に分けることに、意味が出てきます。

ということで、まとめ再掲。

１）前半の山場よりも後半の山場を大きくする。（ただし、後半を引き立てるために前半の山場を小さめにするのはダメ。それだと後半まで読んでもらえなくなるので。前半も十分に盛り上げて、後半ではもっと盛り上げなければなりません）

２）前半では課題を残し、後半でその課題が解決する流れを作る。

３）前半と後半でつながる要素をできるだけ盛り込む。