もう少し本質的な話をするなら、「キャラの目的意識」について考えてみるとよいかもしれません。

御作の各話の基本パターンは、通しの主人公が「導く側」なんですよね？　
「導く側」というのは、言葉を換えると「サポート役」ということです。もっと言うと、通しの主人公にとって各話の主人公が抱える問題や悩みは、所詮は「他人事」ということになります。
通しの主人公に主人公らしさを感じにくい理由は、おそらくここにあります。

物語の主人公というものは、何かしら目的があったり、何かにつまづいて悩んでいたりするのが基本です。そうした悩みを乗り越えるために行動し、その結果どうなったのかというのがストーリーです。

そう考えると、御作の通しの主人公がサポート役にとどまるなら、導かれる側の方が主人公にふさわしいんですよ。ストーリー論的にはね。

＞ただ書いていると「導く側が本来の主人公なのに違う話になってる」に見えてしまって

これは、実際に書いてみると、導く側ではなく導かれる側の物語になっているように見える、ということですよね？　でも、本来そういうものなんです。

でですね。

以上のことを踏まえた上で、「視点人物」ということを意識するとよいです。

御作の各話では、語り手は誰にしているのでしょうか？
ひょっとしたら三人称で書かれているのかもしれませんが、その場合は誰寄りの視点になっていますか？
例えば通しの主人公Ａが旅をしていて、あるところでＢ話の主人公Ｃ（目的や悩みをかかえたキャラ）と出会い、その悩みを聞いたとします。そこからＢ話のストーリーが動き出すとしたら、視点人物はＡになります。

もう一つのパターンとして、Ｂ話の冒頭をＣの描写からはじめ、彼（彼女）が悩んでいるところにＡが現れるという書き方なら、Ｃが視点人物です。

前者ならＡの本当の主人公っぽさは強まりますし、後者ならＣが主人公らしくなります。

しかし、ストーリーの骨格から言うと、どちらも本筋はＣの物語なんですよ。悩んで、行動して（行動の過程でＡの影響を受けて）、何らかの結末に至るのはＣなんですから。

以上を踏まえて、Ｂ話のストーリー上の目的意識はキャラＣと共にあると捉えられます。

そして。

各話の主人公の目的意識とは別に、連作作品全体を通してのＡの目的意識を別に設定するとよいかと思います。
ＡはＡで旅をすることによって何かを求めている。それはＣなどの各話の主人公の目的とは無関係ですが、時には各話の経験によって目的に近づくこともある、みたいな感じですね。

結論。

・視点人物を誰にするか。

・各話の目的と、通しの主人公の目的意識を別に設定して、併行させる。

この２点を意識すると良いのではないかと思います