＞場面転換を多用するのも悪いのでしょうか。

私は、必要ならガンガンやりますよ。どうでもいい場所の移動中とか、一段落ごとに場所を変えたりしましたし（ようするにダイジェスト化ってやつです）ただ、その時は主人公の視点に固定してましたけどね。
私はけっこう短めの文体なので、必要なことが書けたと思ったらさっさと切り替えます。ただ、視点は……そんなに変えないかな、全くないとは言えないけど。
視点ってのは、カメラとイコールではないです。

＞前作を書いていた時は悪役同士の絡みを書くことにハマっていました。主人公が登場しないシーンを多少多めに構成するというのが初めてのことだったので、よくわからない興奮状態にでもなっていたのでしょう。
（もしhexa様の言いたいことと関係のないことを話していたらスミマセン）

初心者が多視点やりたがる、小説あるあるです。
ただ、そのせいで主人公から見て「どうしてカンプラ娘たちの戦いに巻き込まれているのか」を考える機会がなかったですよね。そういうのが「登場人物の気持ち置いてきぼり」ってやつです。またTRPGの話を持ち出して何ですが、そんな感じにPC達の気持ちを置き去りにして（もしくは、置き去りにされたままなあなあで話についていって）結局最後まで盛り上がらず、後悔したことが何度もありましたからね。そのへんの気持ちに整理をつけることは重要視しているほうです。

＞あと三人称の地の文にセリフがかった文（というか登場人物の独白）を書くのもあまり良くないのでしょうか。
既存作を例にすると太宰治の走れメロスは三人称だけどメロスの独白みたいなものが平然と書かれていたけど……
（例の知人氏が「そんなものを使わずに丸かっこにしろ」と異常なまでに強要してくるので、少し気になりました）

地の文での独白は、一人称もしくは三人称一元の特権です。やっちゃって構いませんよ。
ただし、それはそのシーンがはっきり誰かの視点だとわかっている時の、その視点人物のみです。
あと、三人称一元で多用しすぎはおすすめしないかも。あくまでポイントをおさえて。
独白が多すぎる場合は、一人称のほうがいいかもしれません。
個人的にはカッコ書きの思考描写は好きではありません。何故なら、私の場合地の文ほとんどすべてが視点人物の思考描写だからです。このへんは他の方の意見も聞いてみてください。