確かに難しいところですが、私見では示していただいた展開なら（ご質問の案件については）問題ないと思います。

主人公や主要キャラの行動を読者に納得させることは重要ですが、重要性の度合いはストーリーが後半に進むほど強まるのだと考えています。

序盤の段階では読者はまだ主人公のことを知らないのだから、その行動の動機が十分に分からないのは当然で、読者もそれは受け入れてくれると思うんですよ。
あ、もちろん序盤の展開が意味不明すぎるのは、読者が迷子になってしまうから良くないと思います。
ただ、だいたい分かるけど多少疑問もあるという程度なら、読者は「ストーリーが進めば分かってくるのだろう」と想像してくれて、むしろ興味をかきたてる要素にもなり得るかと。
さじ加減は大事でしょうけどね。

繰り返しますが、序盤や前半の適度の「？」は必要なスパイスで、あった方が良いと思うくらいです。
その「？」が先に進んでもなかなか解消されないと、読者はイライラし始めてしまってマズイということなんじゃないでしょうか。

これはけっこう微妙なことなので、本当に個人的な見解ではありますが、一応まとめると。

冒頭は納得感よりもインパクト優先。後半はさらにインパクトも必要ですが、納得感との両立もはからないとダメ。
ただし、後半までには伏線や描写をふんだんに盛り込めるわけですから、インパクトと納得感の両立は十分に可能。

この呼吸が、プロットを立てるということの本質だと考えています。