＞設定を先に作って後からストーリーを考えるやり方はあまり良くないのでしょうか？

そんなこともないのでは。

例えば、人を見て「この人にはどんな服が似合うだろう？」と考えることも、服を見て「この服は、どんな人が着れば似合うだろう？」と考えこともできるでしょう？
ただ、どちらから考えるにしても、様々な人が様々な服を着ているのを見た経験が豊富じゃないと、イメージできないですよね。

それと同じ。
設定にしろ、キャラにしろ、ストーリーにしろ、実はある程度パターンはあるものなんですね。
なので、ある設定を思いついたら、それと同じパターンの設定を使った選考作品はいくらでもあると思っていいです。（凄腕のプロの作品が「斬新な設定」と賞賛されるのは、演出で斬新に見せているだけ）

で。

思いついた設定とパターンの似ている先行作の中で、どんなキャラがどんなストーリーを作っているか考えてみるといいです。その上で、必ずしも自作のキャラにそれと同じ動きをさせる必要はないわけで、「こうすれば、もっと面白くなるのでは？」というのが思いつければなお良しです。
それが、上の例で言えば「この人はどんな服が似合うだろう？」と考えてみるということです。

こういう感覚で、設定とキャラとストーリーを関連付けてイメージすることに馴れてくれば、巧拙はともかく少なくとも纏まったストーリーを作ることはできるようになります。

物語を曲がりなりにも仕上げられる人って、仮に意識していなくても頭の中では無意識にこういう作業をしていると思います。