わりとよくあるのが、
・あらすじがあらすじになってない
　新人賞の あらすじ は、作品を読むための地図として使うので、煽り文や紹介文だと不備扱いになること多い。
・エントリーシートの不備。PNのみで本名なしとか。
　私は審査側として関わったこと無いので詳しく知らんけど、仮面作家に憧れてるのか親バレしたくない的なことなのか、住所も本名も隠してる応募作品が地味に多いと聞く。
・多重投稿。Web応募になってから増えてるらしい。
　投稿フォームの仕様で数秒ラグがあったりするけど、そのとき送信されたかどうか不安で二度三度と送信ボタンを押しちゃうことがあるんだそうだ。気持ちはわかるが、それだと二回三回の多重投稿になってしまう。
・そもそも応募規定に従ってるつもりが４１☓３４になっていたなどのミス。
　書式に関するミスは何度もチェックしてるのにってミスが割りとある。文字数だけ気にすりゃいいTXTにしたほうがいいと思うよ。

たぶん、スレ主さんが書かれた情報からでは第三者には判断できない部分でミスがあるのではないかなと思う。
というか改稿作品のルールがないっぽいから再投稿の場合どういう扱いになってるのかわからんのよね。
以前は「まえに落とされたけど改稿しての再チャレンジですよろしくお願いします」って一筆書けばOKだったんだけど、Web応募だと余計なコメント書く場所がないじゃない？　書いたら書いたで不備扱いになりそうだし。
もともと、「一度落選した作品は落選する理由があって落選しているので、別作品として作り直さない限りはタイトル・あらすじ見た時点で落とすこともある」って感じで、だから最初に一筆書かなきゃいけなかったんだけど、
もしかしてMFは再投稿自体がダメなんじゃないかな？