去年に紙媒体で応募したものと同一の作品を、Webで送り直したのですね？

①～⑤を拝見する限り確かに基本的な規定には合っているように見えますので、それでも失格になったとしたら考えられることは以下の四つになるかと。

１）再投稿ルール

２）プロポーショナルフォントの問題

３）スレ主様が気がついていない何らかの勘違い

４）主催側のミス

１について。

（MF文庫ライトノベル新人賞、「よくある質問と回答」から抜粋）

Ｑ．過去の新人賞で落選した作品を、もう一度応募してもいいのでしょうか？　あるいは改稿すれば問題ないのでしょうか。 一期や二期に応募して落選した作品を、その期の別の回に応募してもいいですか？

Ａ．過去の新人賞、および同じ回の別の予備審査で落選した作品を、再度ご応募いただくことは問題ありません。
ただし、修正等の改稿をしない、まったくの同一原稿でのご応募は、ご遠慮ください。

（抜粋ここまで）

今度はこれにひっかっかってしまった可能性が考えられます。スレ主様としては前回の失格にも納得がいかないわけですから理不尽と感じられるのはわかりますが、結果的に同一原稿再投稿になってしまっていますので。

ただし。

＞理由は「書式の不備」らしいのですが、

この失格理由を明言した通知が合ったのでしょうか？
もしそうならば、１以外にも理由が有るのかもしれません。

２について

他の方への返信にも抜粋を載せましたが、

（抜粋はじめ）

＜その１＞書式の不備　これが一番多い！

―１ページの行数・文字数の不足、過多

行頭に句読点や閉じ括弧などがこないように行末にするため一字追加される“禁則処理設定”で一行の文字数が増える場合や、文中に英単語が入って文字数が増える場合などを除き、文字数の不足や過多は原則的に認めていません。特に多いのが、書式設定にかかわらず”字間”が詰まる種類のフォント（プロポーショナルフォント）を使用して一行の文字数がオーバーしていることです。ご注意を！
また、他の新人賞のものと思われる書式で応募されている作品も見られます。

（抜粋ここまで）

PDF応募の場合、こういう注意書きが有るには有ります。
ただ要項の他の部分にフォントの種類そのものは自由とも書かれていますので、上記抜粋部分はプロポーショナルフォントの使用が原因で行数がずれ、規定枚数の過不足が生じてしまう場合を注意しているだけとも読めます。
御作の場合、

＞③あらすじ込みで１３１ページ

これは過不足ともに規定にかなり余裕のある枚数なので、フォントが理由で違反になる可能性は低そうです。

ただし、強いて言えば。

PDFデータの性質上、フォントを変えて行数の違いを確認するのは簡単ではないので、主催側でプロポーショナルフォントが使用されているだけでアウトという扱いにしてしまっている可能性が無きにしも非ずかも。

３）スレ主様が気がついていない何らかの勘違い

これを言ったら回答になっていないと思われるかもしれませんが、失格理由が１・２のどちらでもない場合は、これしか考えられません。そして、質問文に書かれた情報だけでは第三者には推測不可能なので、一応、この可能性もあると指摘せざるを得ません。

そして、重要な点が一つ。

失格理由がこれの場合、同一原稿を形だけ変えて何度投稿しても（１の可能性は別としても）、結果は同じということになります。
納得がいかないお気持ちはよくわかりますが、この作品をMFに送るのは諦めるのが得策かと思います。

４）主催側のミス

これに至っては完全に冗談のような指摘かもしれませんが、理由が１～３のどれでもないなら、残る可能性はこれしかないということになってしまいます。