＞とりあえず、この作品は捨てて最初から書き直した方が良さそうだと考えます。

それは同感です。もう一度同じ作品を投稿して失格になったら時間がもったいなさすぎますし、書式や内容の問題以前に「同一作品（修正・改稿のない原稿）、再投稿禁止ルール」で有無を言わさず失格になる可能性が高いと思われます。さらに言えば、（MF側にすれば）「あれほど言ってるのに同じ原稿を３度も送ってきやがったやつ」として、ブラックリストに載りかねません。

ただ、別の作品を送るにしても、失格の理由がわからないままでは、それも失格になる可能性はあります。ですから理由は突き止めておきたいというのはあるかもしれませんね。（註１）

でしたら、もう少し検討してみましょうか？

その場合、できたら一番良いのは、ふじたにかなめ様が仰っている、

◎原稿そのものを誰かに見てもらう。

まずは、これです。
スレ主様は以前のスレでも、これまでMFに送って通っていた原稿と今回送った原稿はまったく同じ書式・形式なのに、なぜか今回だけ失格になったと。そう仰っていました。

しかしこれは、多分まったく同じと思い込んでいるどこかに穴があるんですよ。だって現実に失格になっているんですから。
なので誰かに見てもらえば、

友人Ａ「君は同じって言ってたけど、ここが違うじゃん」
狼様「え？　……いや、そこは常識的に考えて、同じも同然でしょ？」
友人Ａ「いや、それが、この場合は同じじゃないんだよ。つまりね（略）」

という感じのことが、どこかしらに生じているのだと思われます。（註２）

そういうアドバイスを求められるあてがないとしたらこの掲示板への質問でもよいのですが、その場合、最初のご質問が情報不足です。

例えば、

＞⑤データ形式はＰＤＦ

とありますが、

（要項から抜粋）

＊紙原稿をスキャンしたPDF（.pdf）は不可とします。

（抜粋ここまで）

これは大丈夫でしょうか？
「それくらいはちゃんとやってるよ！」ということでしたらお詫びしますが、このように質問文の説明だけでは本当に要項に則っているかどうか判断しきれない部分もあるということです。
実際のところ、「再投稿禁止ルール」も要項（の目立たないところ）に明記はされているのですが、読み落としていらっしゃらなかったでしょうか？

なので、要項をもう一度精読した上で、どのような原稿を送ったのかもっと詳しく記述していただけば、ある程度有益なアドバイスが集まるかもしれません。

　　　＊　　　＊　　　＊

（註１）

＞また、他の作品には不備が無く、全て問題無く受け付けてもらえているんです。

以前のスレに、

＞前々回の応募作が原因不明で失格になったものの、その次の新人賞に今度は２本応募しました（１０４Ｐと８４Ｐ）。
＞そうしたら、１本は一次落選したものの、もう１本が再び二次選考まで行きました。

と報告されていましたね。（申し遅れましたが、おめでとうございます）

これもMFでしょうか？

そうだったら別作品も失格になる可能性は低そうですから、問題の作品のみ「謎の失格作」として放置してしまうのもありかもしれません。

（註２）
以前の失格がMF側のミスで、今回は普通なら通るはずなのに「再投稿禁止ルール」の方に引っかかって失格になったという可能性は、無いことはありません。