御作の設定では、「神」の意識と「主人公」の意識に連続性はないのでしょうか？

つまりですね。

その設定を最もシンプルに考えるなら、（ニャルラトホテプ風の）神が人間の姿に変身しているだけとも言えます。主人公の「神形態」と「人間形態」があるような感じです。
だったら何も悩む必要はないわけで、神形態の時も人間形態の時も「中の人」的には同じ意識を持つ一人称として書けばいいだけです。

まずはそう思うのですが、スレ主様が考えていらっしゃる「神格」なるものはそういうのとは違うのでしょうか？　神の意識と人間としての主人公の意識は全く違うというか、別次元の存在として描写したい感じですか？

もしそうならば、これは一人称がどうこうという問題以前に、設定そのものをもっと練り上げるのが先です。その「神格」なるものと「人間としての主人公」がどういうものなのかもっと詳しく教えていただかなくては、的確な回答はできません。

最も重要なポイントは、

１）人間として行動している時の主人公は、自分の正体が「神」であることを知っているのか？

２）「神」であることを知ってはいるが、自分が神そのものであるという自覚は持っていない感じなのか？　（自分はいつか消滅して神が顕現することを知ってはいるが、神そのものの知識や思考を共有はしていない感じ）

この二つになります。

もし２に近いのならば、「主人公は神のペルソナの一つである」という設定があるだけで、実質的に神と主人公は別キャラも同然ということになります。「人間・主人公」が消滅して、知識・思考を共有しない「神」が出現するだけですから。

もしそういうことなら手法としては、

＞主人公が消滅している間のみ三人称に戻す事、

普通に考えたら、これが自然でしょう。主人公が死んで、別のキャラが現れるのと実質は同じです。

＞少しぶっ飛んだ案として、地の文を主人公ではなく主人格の神の視点にする(途中まで主人公の視点とミスリードさせる)事も検討しています。

いや。
これはミスリードというより、設定そのものに触れることを言っています。
これがミスリードとして成立するなら、とりもなおさず「神格者の視点」と「主人公の視点」は別物であるということになりますから。
つまり上記の２に近いということになりますが、それならそれで設定上の実態はどういうもので、読者に何をどう勘違いさせたいのかということを考えないと、わけがわからなくなります。

視点以前に設定そのものを練り直した方がよいと書いたのは、そういうことです。

逆にそのあたりを十分に考えられているのなら、視点の扱いは自ずと決まってくるはずです。